然而，抗生素菌渣循环利用却遭遇了“高压线”。2002年，农业部、卫生部等部门联合发文，禁止未经处理的抗生素菌渣做饲料添加剂。同时，最高人民法院、最高人民检察院做出有关解释，进一步强化对抗生素菌渣流向饲料市场的管理。2008年，“化学药品原料药生产过程中的母液及反应基或培养基废物”被列入《国家危险废物名录》。“发酵生产抗生素产生大量的菌渣等废渣，过去农民抢着作饲料，如今却成了让企业头疼的危险废物。”潘广成说。
    “抗生素菌渣按规定只能焚烧或深埋，从资源的有效利用方面讲，这是很不合理的。”王勇军说，“在欧洲，通过一定的技术手段进行处理后的抗生素菌渣是可以做饲料的。”目前华药集团环保所已和有关单位合作，联合开发抗生素菌渣资源化、规范处置利用技术，以期通过相关技术手段，把残留的抗生素效价去除，利用基有机物做成农肥、林木或园艺肥料，远离食物链进行循环利用。
    东药集团在开展循环经济标准化试点过程中取得“超大型发酵厂废弃醪液的资源利用方法”和“应用VC发酵醪液生产氨基酸肥的方法”两项技术专利，在副产品应用方面，还多次获得当地省、市政府相关部门的奖励和表彰。虽然如此，企业的困惑却依然存在。刘国峰建议，对于开展资源循环利用厂家规模较大、污染治理设施健全、综合利用效果好的企业，政府相关职能部门应在财政、税收、投资、土地、排污费返还等方面给予一定的政策扶持。“建议政府出台系列政策扶持研究循环经济重大科技攻关项目，如设立发展循环经济的专项资金，以财政支持对促进循环经济发展的产业活动给予税收优惠。”
    多位业内专家表示，部分制药企业对于副产品的处置已达到国家相应标准要求，但由于受到国家危险废物的管理要求的限制，副产品制定标准后仍然难以等同于产品进行运作。“当前，配合循环经济促进法，应加快研究建立和健全循环经济的法律法规体系，抓紧制定节能、节水等促进资源利用的法规，特别是针对‘国家危险废物名录’，制定切实可行的危险废物处置或无害化处理的有关标准或规范，帮助企业发展循环经济，实现资源综合利用。”