1981年韩国农协进行组织结构改造，撤消市、郡(县)组合的法人资格，改组为中央会下派的办事机构。原来的三级管理改为二级，扁平化的组织结构使效率提高，成本降低。

　　1989年，根据新修订的《农协法》，韩国农协要员从任命制改成直选制。农户直接选举基层组合的农民组合长和理事会成员，再由农民组合长选举代表，组成中央会的农民组合长代表会议，直选中央会的会长。至此，各届农协中央会的会长均出身自由基层选举上来的农民。农协真正成为农民的协同合作组织。

　　2002年，将农协、蓄协、人参协中央会合并为农协中央会，形成了目前韩国农协的组织管理架构。

　　2012年3月2日，即我们到达首尔的三天之前，韩国农协趁成立50周年之际做出了新的战略调整：将农协银行从中央会完全分离出去，设为独立的商业银行，中央会保留合作金融部分。至此，中央会更加重视农协的经济事业和教育、支持事业，试图更好地为农协组合员服务。