现有施肥技术支撑能力不足

中国农户施肥技术仍以经验为主，施肥量偏多、施肥方法粗犷、施肥时期不当是普遍问题，农户分散、差异大、农村劳动力短缺严重限制全国整体施肥技术的提高；不少专家仍以20世纪80年代的二次土壤普查知识和经验为基础进行施肥指导，知识更新不够。

测土配方施肥新的指标体系建设尚未完成；简化的技术方案没有成型；田间示范和施肥指导环节薄弱；技术人员知识水平和专业技能亟待提高；急需提高技术到位率，将测土配方施肥的作用落到实处。

科学施肥新技术研究滞后，同时实现产量肥、经济肥、环保肥的基础研究严重不足；施肥技术与栽培、农机等技术的结合不够；作物专用肥、区域配肥技术研发及对化肥工业的引导比较薄弱。

有机养分资源循环利用率低

有机养分资源循环利用率低的原因主要有：

第一，粮田中有机肥用量少，秸秆还田率低，过度依赖化肥投入，不仅不利于提高化肥利用率，也不利于土壤培肥。这已成为中国粮食生产能力进一步提高的主要障碍。

第二，集约化果园和菜田不仅化肥投入多，而且投入大量有机肥和秸秆，整体养分投入量过高，而养分利用率低，对地下水和地表水的污染日益加剧。

第三，集约化养殖场多集中分布在大中城市近郊，畜禽粪便产生量大且集中，而城郊又无足够土地消纳，加之近郊农民大量使用化肥，有机肥施用量大幅减少，致使畜禽粪便成为污染源。