2、“悬浮型”基层政府无法保障村民自治的实施

　　另一方面虽然实行村民自治制度以来，国家行政权力逐步退出了乡村社会，但是国家不可能放弃也不应该放弃对乡村社会的管制。作为国家意志的代表，乡镇政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助既是乡村社会发展的现实需要，也是《村民委员会组织法》明确规定的职责和义务。然而，由于农业税的取消、各种惠农政策的实施以及乡镇综合配套改革等一系列措施的推行，乡镇政府原有职能大大收缩，其行为模式由过去的“要钱”“要粮”转变为“跑钱”和借债，基层政权从过去的汲取型变为与农民关系更为松散的“悬浮型”。“悬浮型”乡镇政府把主要精力放在如何维持自身的生存运转上，它们既无力也不愿为农民提供公共产品和公共服务。在“一票否决”的维稳压力下，“悬浮型”乡镇政府把守“不出事”的行为底线，将主要精力和功夫花在应对上级检查和考评的“功课准备”上，从而滋生出种种违背政策原则的权宜性对策。这种消极和无作为的基层政府与乡村社会日益脱节，直接导致了乡村治理中国家权力的中空状态，致使不少地方的村民自治由于缺乏必要的引导和监督而变异为宗族势力壮大下的族长治村或“丛林状态”下的村霸治村。有些地方甚至黑恶势力沉渣泛起，地下教会和邪教组织悄然蔓延，极大阻碍了社会主义村的建设。

　　3、“村两委”的关系矛盾也影响了村民自治的运行

　　党的领导、人民当家作主与依法治国的有机统一是中国社会主义政治建设的最大特色。继《中华人民共和国村民委员会组织法》确定了村委会这一基层群众性自治组织之后，《中国共产党农村基层组织工作条例》又明确了村党支部在乡村群众组织中的领导地位。村委会在村党支部的领导下实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督。从理论和制度上看，两委的地位和关系是明确和协调的，但在实践中，两者关系的协调“仍是一个尚待解决的问题，并影响着村民自治的运作”。由于在现有的法律中没有明确规定村党支部到底该通过何种具体方式、在何种程度、如何合理正确的领导村委会，这就为乡镇政府通过村党支部来间接影响和干预村民自治提供了很大的空间，从而使两委之间围绕农村事务的决定权争夺引发一系列的矛盾和冲突。

　　尽管村委会是实行村民自治的群众性组织，但它要受村党支部的领导。而乡镇党委通过对村支部的领导，实现乡镇政府对村民自治的控制和干预。抛开基层政权中介者和传声筒的角色，即使在繁杂琐碎的农村事物中，一些地方的村党支部认为自己是其他村组织的领导核心，轻视村委会在村民自治中的组织和工作能力，过多地插手村民自治的实践活动。而村民委员会则以民意代表与民选组织的身份为据，不认同党支委的领导甚至抵制党支委布置的任务。更严重的是，有些农村的“两委”在村务决策、人员任免、财务管理等事项上为争权夺利竟发生相互攻击等公开的冲突。村两委关系矛盾问题从某种程度上反衬出村民自治在纵向体制影响下遭遇到横向体制性尴尬。因此，围绕如何协调村两委矛盾、推动村民自治健康发展成为近年来各地农村改革纷纷探索的重要议题。尽管已有的尝试为我们提供了诸如“一肩挑”、两票制、两会制、“4+2”工作法、一制三化、青县模式等独具特色的经验模式，但要从根本上破解村两委矛盾，真正将党的领导与村民自治有机结合起来，推动村两委关系民主化、法制化、科学化的制度设计，建构村两委分工明确、协调合作、平衡统一的和谐新型关系，仍有待于进一步加强改善党的领导与深化行政体制改革的推进与落实。

　　综上所述，从纵、横两方面来看，现有的体制性冲突影响和制约了村民主体性的发挥，缺失了村民主体性的农村基层自治运转困难，难以形成有效的乡村治理。在大多数情况下，村委会组织和协调村民治村的无力与上级政府引导和监督村民自治的虚化，事实上导致了相当地方的农村陷入无治理的自发状态，即使乡村传统的公序良俗也在空心化中遭到严重侵蚀，致使诸如乡村社会治安和生态环境保护等基础性的治理竟也成为令人堪忧的普遍问题。由是，持守自治价值的理性追求，回归中国乡村的现实境遇，在全面深刻解析困扰当前村民自治迷思的基础上，探讨冲破现有体制性障碍，走出乡村治理困局的有效路径，已然成为包括政学两界在内的全社会刻不容缓的重任。