第二阶段为1985年至1992年。由于1984年农业大丰收，出现了卖粮难以及收购粮食“打白条”问题，被认为是“超常规发展”带来“低水平过剩”，导致了农产品统购与派购制度的改革，其基本动因是由于实行“超购加价”政策造成财政压力大。这一改革是对农产品流通体制走向市场的重大突破。作为第一步对粮棉油糖等一类统购的大宗农产品实行“双轨制”，即“合同定购”与“市场议购”两部分，也就是“死一块，活一块”；对畜产品、水产品等二类派购的农产品全部实行“市场议购”。这一政策实行的结果，是计划经济向市场经济转变的重大进展，一方面放开走向市场的部分农产品继续发展；但另一方面实行“合同定购”的粮食，由于实行“倒三七”价格(即70%是超购加价，30%是定购价)，抑制了农民的积极性，特别是新商品粮地区以及“三靠队”(吃粮靠返销，生活靠救济，花钱靠信贷)(像小岗村)因无定购基数，销售的粮食全部是超购加价，而在实行“倒三七”价格政策以后，大幅度减少收入，使当年的粮食产量下降7%，棉花产量下降30%，随即出现了粮食生产的徘徊。

　　——为防止粮食滑坡，实行微调政策，把“合同定购”又改为“国家定购”，强调农民生产粮食既是任务又是义务，并采取适当提高定购价格以及定购粮食与化肥、柴油、预购定金“三挂钩”政策，使粮食产量有些恢复性的增长。在粮食逐步走向市场化过程中，在河南郑州市建立粮食期货交易市场。

　　——乡镇企业在中央提出“整顿治理”(针对国民经济发展中两个失衡，一是工农业的失衡；二是基础工业与加工工业的失衡，为期三年。)中受到抑制，特别是信贷零增长，以及指责乡镇企业“以小挤大、以落后挤先进”的舆论，严重影响乡镇企业发展，导致农业劳动力转移零增长。

　　——农民收入增长幅度大大下降，1989～1991年连续三年年均增长只有1.7%，其中1990年为负0.7%，跌入低谷。

　　——放开农产品销售价格，1991～1992两年两次提高城市粮食销售价格，实现了购销同价，结束了近40年粮食统销的历史，取消了粮票，缓解了由于每次提高粮食收购价格而城市销售价格不变增加财政补贴支出的矛盾。

　　——在总结广西柳州市宜山县三岔乡建立村民委员会经验的基础上，全国人大通过法律，推行村民自治，实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督，开创了农村民主政治建设的新局面。

　　——推行生态农业建设，对抑止农业生态环境恶化发挥了积极作用，但水土流失、荒漠化、草原退化、农业面源污染等加剧。

　　这一阶段农业与农村经济出现了较大的波动，其原因之一是对1984年农业丰收形势估计过于乐观而采取了抑制生产发展的政策；二是在“整顿治理”中不加区别地在信贷上采取一刀切的政策，抑制了乡镇企业的发展和劳动力转移，使农民收入下降。这是宏观调控上的失误。

　　第三阶段为1993年至2003年。1992年邓小平南巡讲话，解决了市场经济“姓社”与“姓资”的认识问题，促进了经济的高速发展。加上对粮食两次大幅度提高价格，粮食产量大幅度增加。1996年粮食产量达到5亿吨，创历史最高水平。1998年达到 5.1亿吨，又创历史新高。但是从1999年至2003年，强调调整产业结构，连续五年粮食播种面积、总产量、人均占有量下降，出现了新的徘徊波动。

　　——在1998年粮食丰收以后，放开了收购价格，实行“按保护价敞开收购、收购资金封闭运行、顺价销售”三项政策和一项国有粮食企业改革，使粮食库存大幅上升，财政补贴数量大量增加。

　　——“异军突起”的乡镇企业继续保持两位数增长，吸纳农业劳动力有所增加。

　　——实行退耕还林还草政策，为防止新的水土流失，恢复和保护生态环境发挥了良好的作用。

　　——推进农业产业化经营，延长农业生产链，实现生产、加工、销售一体化，特别是在畜牧与水产业方面进展较快。

　　——在推进工业化与城市化过程中，农民土地流失严重，出现了失地农民，引起农民不满。

　　——在整顿金融秩序中，取缔了合作基金会，信用社不再成为农民的合作组织，农村资金大量外流，农民贷款难问题加剧。