一部分碳结构保留有原生物质的细微孔隙结构，比表面积大，能吸附重金属、农残等污染物，植物对污染物的吸收减少。能吸附植物一时不能利用的氮素养分，后期缓慢释放，提高氮肥利用率。这部分支架碳还能吸收水分子进入小孔中，当干旱发生时，小孔可以保护水分子不被迅速蒸发，具有保水效果。尤其值得一提的是，支架碳是有益菌生长繁殖的“小房间”，让有益菌免受外在环境的胁迫，促进有益菌在植物根系的定植，提高微生物菌肥的效果。

　　二是小分子的有机碳。生物炭在制备过程中会产生一些小分子的有机碳，这部分碳是生物炭中的活性成分。他们被吸附在支架碳上，能够被植物和微生物利用，促进植物生长和微生物的繁殖。一般生物炭肥使用后马上表现出的效果往往是由这部分小分子碳提供的。

　　三是丰富的矿质元素。由于生物炭是植物煅烧而成，植物中含有的钙、镁、钾、硅等大中量营养元素和铁、锰、铜、锌等微量元素均保留在生物炭中，施入土壤后可以补充土壤中的矿物质养分。另外，由于这部分营养元素一般以碱性形式存在，也具有改良土壤酸性的作用。