在品种资源保护开发方面，从2002年开始，国家投资l亿多元建设种质资源库和周转库5座、保护区7个、新建和改扩建资源圃27个，使农作物种质资源保存量达到38万多份。种质资源的评价和创新由原来的常规分析技术和育种方法发展到分子生物学、基因组学等领域，广泛开展了RAPD、SSR等分子标记及其在辅助育种中的应用研究，具备了评价重要作物特异基因分子突变的能力。同时，种质资源分发和供种能力得到加强，每年向社会提供种质资源1.2万多份次，为作物育种提供了大量可利用的材料。

在农作物品种改良中心建设方面，从1998年开始陆续投资建设，到2005年已投资8.14亿元（其中国家投资6亿元），新建和改扩建各类农作物改良（分）中心项目共96个，其中国家级农作物品种改良中心20个，改良分中心71个。在育种理论、技术和方法研究上，育种整体水平有所提高，杂交水稻、抗虫棉、矮败小麦和杂交油菜等已达到国际领先水平；创新育种亲本材料1万多份，增强了育种后劲。2005年改良系统通过国家或省级审（认）定的品种739个，其中部分品种成为重点产区的主推品种，初步构建了上游（改良中心）、中游（改良分中心）、下游（地方育种及推广单位）有机结合的品种改良体系。

在农作物品种区域试验方面，1997～2004年，共投资了l.38亿元（其中，国家投资7000万元），建成农作物品种区域试验站135个。安排的农作物品种区域试验、生产试验和预备试验由1995年的17组扩展到2005年的309组，参试作物由水稻、小麦、玉米、棉花等4种增加到34种，参试品种由136个发展到3311个。2007年，安排小麦区域试验和生产试验6组，参试品种57个；安排水稻和旱稻47个组别的区域试验、生产试验和筛选试验，参试品种601个；安排大豆品种区域试验20组参试品种215个，生产试验13组参试品种44个；安排玉米22个组区域试验参试品种244个，8组生产试验参试品种23个，4组预备实验参试品种232个。区试站的建设，为品种审定提供了科学依据。同时，通过区试站开展新品种展示、示范，引导农民择优选用新品种，也加快新品种的推广应用。

良种繁育基地建设方面，从1996年连续7年安排投资5.7亿元（其中国家投资2.94亿元），建立了如湖南贺家山水稻原种场、河南博爱小麦原种场、江苏泗阳棉花原种场等各类作物的国家级原种场35个。“十五”期间，从2001年开始，每年安排投资l亿多元，建立和完善了水稻、小麦、玉米、大豆四大粮食作物种子基地。在经济作物和园艺作物方面，1996～2005年，国家共投资14亿元（其中国家投资9.1亿元）建设包括棉花油料种子基地，马铃薯脱毒快繁中心，柑橘、苹果、茶叶等脱毒苗木繁育基地，蔬菜瓜果等种子基地。2002年和2003年投资3.6亿元（其中国家投资2.58亿元）在内蒙古、吉林、黑龙江、辽宁等省、自治区建立了大豆良种繁育基地。从l996～2005年，通过种子工程专项资金共建设国家原种场项目54个，粮食作物良种繁育基地项目97个，经济和园艺作物良种繁育基地项目172个，薯类苗木脱毒中心35个。这些基地对提高种子、苗木质量，保证种子、苗木稳定供应起了重要作用。

另外，还建设了一大批种子加工中心、包装材料厂、种衣剂厂以及全国种子信息服务网络、航天育种工程中心和种子南繁基地等，并建立了救灾备荒种子储备制度。

种子管理日趋规范

1978年，农业部开始组织有关人员研究起草种子法。经有关部门、专家多次调研、座谈后，改为先制定行政条例。1989年3月，国务院发布了《中华人民共和国种子管理条例》(简称《种子条例》)，1991年农业部颁布了《中华人民共和国种子管理条例农作物种子实施细则》。这两部法规的贯彻实施，对加强种子管理、促进种子事业的发展起到了重要作用。

1998年7月，全国人大农业委员会根据全国人大立法规划的要求，组织起草种子法。经过深入调查研究，广泛征求地方人大、有关部门和专家学者的意见，进行多次讨论、修改后，由全国人大常务委员会三审通过，于2000年7月正式颁布。接着，农业部制定了配套法规。