中国农药行业的科研力量十分薄弱。根据2005年初不完全统计，中国目前生产的农药品种有313个，其中具有中国自主知识产权的产品仅13个，占4.15%。目前中国还没有一家国际认可的GLP（良好实验室规范）实验室从事环境毒理、残留以及代谢等研究。列入欧盟“黑名单”的200多种农药还有许多在中国普遍生产。生产工艺技术落后，如毒死蜱中间体三氯吡啶酚钠生产由三氯乙酰氯与丙烯腈反应，工艺落后，污染严重。氯氟氰菊酯中破坏臭氧层的三氯三氟乙烷以及部分应全面禁止使用的高毒农药等缺乏替代产品。国家明令禁止或淘汰的工艺技术仍然在使用，如高中温钠法生产百草枯工艺、农药产品手工包（灌）装设备等。国外已禁止使用的有机溶剂和助剂在中国普遍使用，制剂品种少、包装水平低。

环保能力低主要体现在：缺少针对农药行业“三废”特点的实用环保技术，甚至废水中部分污染物还没有分析方法、监测方法。用现有的COD分析方法无法体现杂环类物质；代森锰锌废水中含有ETU（乙撑硫脲）、代森类等，对水生生物、鱼类具有高毒作用，ETU平均含量为200～300mg/L。ETU是致癌物，国外标准要求ETU的排放限值≤1mg/ L，目前国内生产厂均未进行有针对性的治理。阿维菌素等产品也如此。中小企业环保投入微乎其微，因此成本低，产品出口拼命打价格战。

中国农药制剂剂型落后，目前40%左右制剂为乳油，缺乏环保型的水基化剂型。制剂加工中使用的有机溶剂主要为甲苯、二甲苯、乙醇等，甲苯、二甲苯的年用量大约为30万～40万吨；普遍使用的助剂主要是壬基酚和磷酸酯类，属潜在的致癌危险物质，年用量大约在10万吨以上，国外均已禁止使用。这些有机溶剂和助剂随着农药的使用全部进入环境，不仅造成严重的环境污染，而且损害农民的身体健康。

农药生产过程中同样使用大量有机溶剂，主要有甲醇、乙二醇、己烷、乙酸乙酯、二甲基甲酰胺(DMF)、石油醚、乙醚、丙酮、异丙醇、乙腈、二甲基亚砜、已烷、四氢呋喃等。企业从生产成本角度选择有机溶剂种类，往往选择成本低、毒性大的溶剂。上述有机溶剂有很大一部分为高毒物质或“三致”物质。