假劣种子横行扰乱正常市场秩序。滁州市琅琊区农委种子管理站站长刘家莉等认为，假劣稻种一般价格低于优质稻种，真假种子同时在集市上登台，肯定增加了粮农的鉴别难度，而且会产生“劣币驱逐良币”后果，扰乱市场秩序。
　　育种创新积极性也会因此受挫。李泽福说，以水稻为例，从拿到育种材料到育成一个稳定的品种，大概需要8～10年。通过技术成果转让，有的水稻品种市值300万元。如果一面市就被人模仿、假冒，不但侵犯了品种权，挫伤了科研人员积极性，也影响社会的公平。从长远来看，最终受害的还是种业和农民。
　　严规常遭“软”执行
　　“在农业综合执法过程中，发现假种子难度很大。”滁州市琅琊区农业综合执法大队负责人向《瞭望》新闻周刊记者坦陈，种子经营户也知道是违法的，他们一般不摆在台面上卖，而是直接和农户打交道，有的直接去村民组或者种粮大户家送货上门，执法人员上门执法时很难抓“现行”。
　　进销货台账记录“马虎”，农户一旦受损维权投诉挺难。本刊记者查阅上述滁州市销售伪劣种子案材料发现，农户买了种子后，经销商记录的台账简单随意，有的仅记个地名，有的没记录名字和联系电话。种粮农民大多没有证据保存意识，没有发票，出了问题后，又没有想到立即去找田间损失鉴定。“最终赢不了官司，顶多是赢得同情。”李鑫说。
　　违法成本低也是其根源之一。地方执法人员反映，国家的一些严格规定在基层执行不了。“在执法中，种子法要求‘重罚’的出发点是好的。”皖北地区一个产粮大县农委农业综合执法大队负责人说，但是假劣种子违法事件多发生在县一级，卖农资的经营户就是几间房子，“他卖了50公斤种子，你查到是假种子，本该处以几万元罚金，但是对方门一锁你罚谁？执法难度太大。”
　　地方保护成了一些种业公司打假维权的“痛点”。“种子的管理权从中央下放到省里，再下放到县里，管理部门跟种子生产经营者都很熟悉。”王如强说，他们发现线索去一个地方打假时，当地基本上保护本地的种子企业，而且保护的方式很多，如执法部门象征性处理，或者避重就轻，罚点款了事。
　　执法力量薄弱，导致执法力不从心。皖东地区一市辖区农业综合执法大队负责人表示，全区负责种子执法的就他和种子管理站站长两人，可区里仅挂上招牌的农资店就有30多家。“我们还承担很多其他工作，食药安全、种子、肥料、农药等都要管，分身乏术。”
　　种子监管亟待补短板
　　业内人士建议，将种子按照特殊流通领域商品看待，创新监管方式，净化市场。一是全面摸排梳理种子乱象，对症下药严加整治。细化种业相关法律法规，让发现、查处有法可依，发现侵权造假达到一定标准、额度的，将其列入市场“黑名单”。
　　与此同时，李鑫认为，应加强对种子真实性的检验。主要农作物种子上市前一定要提供种子品种真实性检验报告，农业部门要对上市主要农作物品种进行种子真实性检验，“每一个关键环节都可以设定一些临时的抽检”。
　　二是创新监管方式，变被动查处为主动出击。业内人士呼吁，应重视县一级打假维权这个主战场，配备精兵强将，加大明察暗访力度，变被动接受举报查处，为主动出击寻找线索。同时可探索异地交叉执法方式，并健全农业、公安、市场监管等部门协同作战机制，共同织密种子市场监管网。
　　有业内人士指出，种子法修订后，种子审定放宽了，监管短板凸显。很多信息不能互通互查，各地审定的品种不能互通有无，出现“挂羊头卖狗肉”现象，需要相关部门通过技术手段打破这种信息壁垒，做到全品种网上可追溯可查询。
　　三是出台扶持政策鼓励育种创新。全国人大代表、民建安徽省委副主委赵皖平认为，与利益损失相比，种子侵权造假对于创新的积极性与动力的影响更大。育种创新需要长时间的积累，十年甚至更长时间都未必有结果，所以稳定长期的支持机制尤为重要。