由于制种企业的不断变化，与其配套发展的制种基地的情况也比较混乱。甘肃省拥有全国面积最大的杂交玉米制种生产基地，稳定的制种面积在150万亩左右，占据国内玉米制种面积的三分之一左右，年产种量占到国内用种量的60%左右。根据《全国现代农作物种业发展规划(2012-2020年)》，西北杂交玉米种子生产基地是国家布局的三大粮食种子基地之一，但是，甘肃基地近几年的发展令人担忧。

据酒泉市种子管理站调研，今年仅敦煌先锋、欣地农业科技、巨龙腾飞和玉米原种场等4家玉米制种企业上年库存就高达3060万公斤，造成2013年制种订单急剧萎缩。当地2012年玉米制种亩成本平均达到1315元，较上年增加150～200元。土地流转费用和劳动用工费用逐年递增，玉米制种成本上涨不可逆转，但这与今年玉米制种代繁订单价格下降矛盾，企业只能放弃订单。

另据张掖某制种企业反映，今年所有的种子公司都压缩了生产计划，张掖制种面积减少40%，原因就是积压严重。同时，在正规企业缩减制种面积的同时，非法企业却忙着生产。合法生产的种子严重过剩难以销售，而假货和侵权种子的生产成本很低，合法者竞争不过非法者。同时，这部分种子数量众多，但无法统计，给市场预测带来难度，加剧了市场的混乱无序。