南瓜根系发达，直根可深达2米，直根分生出许多一次、二次和三次侧根，形成强大的根群。由于南瓜根系强大，具有较强的水肥吸收能力，因此种植在较贫瘠的土地上，也能得到一定的产量。但要获得高产，必须加强水肥的科学管理。

据报道，当南瓜产量水平在亩产4000公斤时，形成1000公斤产品需吸收氮4.3～5.2公斤、磷1.6～1.8公斤、钾5.3～6.0公斤。在各个生育期中，以果实膨大期对养分的吸收量最多，此期也是水肥管理的关键期，在追施氮肥的同时，要重视钾肥的施用。

重施基肥 基肥以有机肥为主，化肥为辅，为南瓜一生需肥打好基础。一般基肥以充分腐熟的优质有机肥为主，约占总施肥量的1/3～1/2，一般每亩施2000～3000公斤。同时，在定植行旁每亩沟施恩泰克稳定性高钾长效复合肥20～30公斤，可以促进瓜苗定植后快速缓苗和形成壮苗，为南瓜后期的高产奠定基础。如果有机肥不足，则应适当加大复合肥的施用量。

巧施追肥 南瓜追肥应以速效性氮肥为主，配合施用钾肥。氮的追肥量一般占总施肥量的1/2～2/3。在瓜苗成活后，如瓜苗长势弱，可结合浇水追施发棵肥，每亩施用尿素5～8公斤。在南瓜定植后到伸蔓前的阶段，如果墒情好，尽量不要灌水，应抓紧中耕，提高地温，促进根系发育，以利于壮秧。开花坐果前，要少施氮肥，防止茎叶徒长，影响坐瓜。当植株进入生长中期，坐住一两个幼瓜时，应在封行前重施追肥，以供应充足的养分，促进果实迅速膨大和多结瓜，一般每亩追施尿素10公斤和钾肥5～10公斤，或优质氮钾复合肥20公斤。如果不收嫩瓜，以收成熟瓜为目的，后期可不再追肥。

南瓜生长中后期，随着根系活力和吸肥能力下降，应注意采用根外追肥方法补充养分，防止早衰。每亩可用优质叶面肥狮马红进行叶面喷雾，每隔7～10天喷施1次，可连喷2～3次。