1990年3月邓小平在谈到农业问题时指出，我国社会主义农业的改革和发展，要有两个飞跃。第一个飞跃，是实行家庭联产承包责任制，废除人民公社；第二个飞跃，是发展适度规模和集体经济，适应科学种田和生产社会化的需要。邓小平提出的第一个飞跃已经完成，第二个飞跃蓄势待发。而习近平同志2005年在浙江省提出的供销合作、信用合作、专业合作“三位一体”的新型农合思想为第二个飞跃打开了思路，指明了方向。

　　就农村和农业来说，进一步改革势在必行，出路在于把当年的“两权分离”发展成为“三权分离”，即在保留农村“两权分离”不变的前提下，将土地承包权与经营权进行分离，实现土地承包权的流转。农户和合作社背景的土地承包权流转，一靠股份制，二靠合作制，但是股份制、合作制各有利弊，可行的方法是股份合作制，而农企的土地承包权流转一般采用租赁制。事实上，农产品的产出率不仅是土地规模的函数变量，而且与金融、劳动力、流通、科技等生产要素变量有重要关联。“三位一体”合作体系的优越性与生命力正在于对股份合作制的适应以及对股份制、合作制以及租赁制的兼容。它沟通、协调、整合现有涉农资源，实现资本市场、行政体系与农村合作体系的相互补充。

　　“三位一体”合作体系着眼于农村整体发展，区域特征强于行业或职业特征，它承认现有各类合作组织利益格局，但侧重于与农民个体的直接联系。在“三位一体”农合体系架构下，不仅实行生产、金融、流通三重功能的一体化，还实行村、乡、县三级合作体系的一体化以及经济组织、群众团体与半官方管理机构的一体化。“三位一体”农合体系内部实行会员分级分类制度，现有的实践表明，各级各类专业合作社以及农户、农业龙头企业都成为农协会员，获得资金、技术、法律方面的支持，农村土地、劳动力的利用效率明显提高。与此同时，通过农协托管持股信用社（信用联社或者农合行）形成产权关系，信用社又依托农协开展联保、担保、反担保、信用评级等金融活动，实现信用风险控制和发展农村金融的一举两得。在具体操作层面上，需要处理好以下几个问题。

　　一是要转变政府农口管理职能。当前，我国政府涉农部门各自为政的现象非常突出，有些涉农部门热衷于利用行政乃至立法手段扩充寻租空间和势力范围。以往在农口管理体制改革时，往往不是把转变职能放在第一位，而是把精简了多少人员和机构作为衡量标准，形成“精简—膨胀—再精简—再膨胀”的怪圈。为此，政府的农业局、科技局等农口管理机构应逐步把政策与农业技术推广职能剥离出来，让“三位一体”农合组织作为农民发展需求统筹和承接政府劳务委托的统一平台，从农民内生性需求出发，实施农业政策与农技推广。政府相关部门应根据政策与推广绩效给予相应的经济报酬。

　　二是要大力发展基层“三位一体”合作社。“三位一体”的核心是生产合作、供销合作、信用合作。目前，农民合作组织在推进生产合作、供销合作方面取得了积极成效，但信用合作相对薄弱。为此，要积极开展资金互助，按照“组织封闭、对象封锁、上限封顶”的原则成立资金互助会。《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》“允许合作社发展信用合作”，这为发展“三位一体”合作社提供了政策保障。当然，需要特别注意两个问题，一是注意“三位一体”合作社的信用风险；二是注意推行农村村级社区的党支部、村委会以及“三位一体”合作社的“2+1”治理模式。

　　三是要成立农村合作组织联合会（“农合联”）。盲目地实施“三位一体”容易形成只注重“一体”的“超级部门”。因此，首先应大量发展基层“三位一体”合作社，然后成立“农合联”，自下而上形成倒逼机制，条块分割问题就比较容易解决，“三位一体”农协的制度变迁成本就比较低。“农合联”作为“三位一体”合作社综合服务平台，应当成为其资金互助会的监管机构。为了回避资金互助会的“道德风险”，要求农村信用社（有的已改为农村合作银行或者农村商业银行）为资金互助会提供资金托管业务，规定资金互助会运行“见账不见钱”，将资金互助会的风险准备金和富余资金归口存入农村信用社，进行分项管理。活期存款根据约定的合规方式支付，定期存款由双方约定期间和利息，这样就初步形成了一个生产、供销和信用“三位一体”的农合构架。