此后，受损农户分批诉诸法院。2016年5月，受损最严重的鄯善县151位农户向鄯善县人民法院起诉，221团的26位受损农户向吐鲁番市高昌区人民法院起诉，诉请由制肥厂家某生物科技公司和经销肥料的某农资公司赔偿损失共计879万元。

案件一审过程中，高昌区人民法院和鄯善县人民法院在立案阶段开通绿色通道，对涉案经济困难的农户予以诉讼费缓、减、免，并选派经验丰富的法官参与案件审理。同时引入多元化调解机制，充分运用诉前调解并坚持将调解贯穿于庭中、庭后环节，农户们原本激动的情绪渐渐平稳了。

科学理性运用司法鉴定意见

案件一审宣判后，被告生物科技公司和农资公司向吐鲁番市中级人民法院提出上诉。二审过程中，办案法官发现，涉案农户情绪激动。双方争议焦点是，农户的实际损失是否由喷施微生物液体肥料所致。

“涉案肥料是经过登记的合格肥料，不存在缺陷和质量问题，农户有损失，但与涉案肥料无关。”庭审现场，生物科技公司一口咬定农户损失与产品无关。

作为涉案化肥销售的农资公司则认为，受损农户已经起诉涉案化肥生产者——生物科技公司，农资公司作为销售者，不应承担责任。