本次会议上传出的消息显示，中国有机养分资源利用方面存在很多问题，大量有机养分资源没能充分利用，而变成环境污染物的来源。同时，有机肥中重金属含量超标现象也越来越严重，威胁到土壤质量和农产品安全。朱兆良院士认为，当今中国有机肥的质量问题令人担忧。

专家们一致表示，当前有机肥的质量与上个世纪90年代初相比，部分重金属的含量增加明显，施用含有重金属的有机肥将引起土壤污染，危害农产品安全。中国农业科学院农业资源与农业区划研究所研究员徐明岗带领的团队在红壤和黑土上长期定位实验研究表明，长期施用有机肥引起了土壤重金属的显著富集。

相关数据显示，污泥的Cr、Pb、Ni、Hg和猪粪的Zn、Cu、Cd、As的平均含量最高，污泥的Zn、Cu、As，鸡粪Cr、Ni，堆肥与厩肥的Hg、Pb平均含量也高于其他有机废弃物。

与会专家表示，中国目前的禽畜饲料添加剂质量标准不严格，质量管理更是松懈，造成许多地方在饲料添加剂中大量使用铜、铁、锌、锰、硒、碘、砷等中微量元素，从而引起有机肥质量存在潜在危害。中国农业科学院研究员黄鸿翔告诉记者，当前仅从养殖场的猪粪中每年就将230吨砷、2400吨铜、90000吨锌、40000吨铁带入了土壤中。中国农业科学院刘荣乐等对全国14个省（市）取样并调查测定了184个有机肥样品后发现，污泥、鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪、堆肥与厩肥重金属含量高，受污染程度也最重。

武汉金禾科技发展有限公司总经理陈黎明的观点是：当今的有机肥与上世纪五六十年代时的有机肥已不能同日而语，种植中大量施用有机肥，各种有毒有害物沉积在土壤中，势必造成土壤的污染，尤其是重金属对土壤污染后，几十年都难以进行调节、治理和修复，说得更严重点，未来五至十年后，中国可能再没有“清洁干净”的土壤用来种植作物。首先，当前有机肥来源更广泛，既有人畜粪便，也有生活污水，还有工业垃圾。用生活污水和工业垃圾生产加工而成的有机肥，其化学成分复杂，富含有毒有害物质。其次，用传统的畜禽粪便所生产的有机肥料含有大量的重金属、药物残留、激素和抗生素等有毒有害物。再次，由于有机肥所含各种营养元素很低，农业种植中如果仅用有机肥的话，其用量巨大，带入的有害物质也越多。

现实情况是：质量让人担忧的有机肥大多数都是由一些规模较小的厂家生产，那么中国生产有机肥的大型企业数量有多少，中国植物营养与肥料学会现任理事长、中国农科院研究员白由路给出了答案：目前中国具有各类有机肥料加工厂3000家以上，年设计生产能力4700多万吨，实际年生产能力约2500万吨实物量。在有机肥料生产企业中，年产量在10万吨以上的企业仅80多家，2万~ 10万吨的企业近500家，近80%的企业年产量不足2万吨。“集中度不高，有机肥质量难以得到保证的问题需要引起重视。”白由路说。

针对业内传出的有机肥始终只是化学肥料补充的呼声，白由路表示，随着化肥工业的发展，化肥在作物养分供应中占到了90%以上，而商品有机肥料所提供的养分不足10%。所以，就提供养分而言，有机肥料提供养分的功能已基本丧失，有机肥料应定为在以清洁环境、培肥土壤为主，企业也要转变观念。