目前，棉花枯萎病与黄萎病没有特效的药品可以进行治疗，对此应主要以预防为主。

第一，选用抗病性好的种子。

第二，在棉花幼苗期、苗期、蕾期、花期、盛花期等各个生长阶段喷施有机叶面肥、缩节胺以及微量元素等，可有效减轻或者降低发病率。

第三，如发生棉花枯黄萎病，可以及时喷施叶面肥和多菌灵进行治疗。

第四，现在有一些企业生产不同的叶面肥和杀菌剂，称之为枯黄萎病的克星，请不要因为其夸大宣传而误解。不过喷施后也会有不同的效果。比如说，腐殖酸类的叶面肥，可以提高棉花病株的抗病性；再有铜制剂、碘制剂等对棉花的生长都有一定的好处。

希望广大棉农防患于未然，要增强棉株的抗逆性就要及时补充营养，只有营养好了棉株才能提高抗病性和抗病能力。合理搭配营养配方，增加各种中微量元素的供应，使棉花得到充足的养分。就像人一样，身体倍儿棒才能减少疾病的发生。另外，及时中耕松土也可有效降低棉花的发病率。