钼是豆科固氮所必需的微量元素，是固氮酶中钼铁蛋白的成分之一，在固氮过程中起作用，对花生、大豆等豆科植物的增产作用显著，缺钼的大豆根系几乎没有根瘤生长。钼离子是硝酸还原酶的金属成分，在氮素形态转化中起着电子传递作用，其生理功能与氮代谢密切相关，缺钼时植株叶色淡，发黄，严重时，叶片出现斑点，边缘焦枯卷曲，叶片畸形，生长不规则。对花椰菜来说，叶皱卷甚至死亡，不开花或花早落。

在酸性土壤或钼敏感作物（如豆科作物）上常常需要考虑钼肥的施用，中国主要的钼肥品种有钼酸铵、钼酸钠和三氧化钼等，钼肥在大豆、花生等豆科作物上，花椰菜、甘蓝、油菜、甜菜、苜蓿等对钼敏感的作物上施用都有很好的效果，主要施用方法有拌种和叶面喷施，由于钼在韧皮部的移动性强，叶面喷施钼肥比土壤施钼效果好。由于豆科植物根瘤固氮还需要钴，德国康朴公司研发生产了康朴钴钼肥，大豆拌种加叶面喷施一次可显著增加豆血红蛋白的合成，提高固氮酶活性，增加豆科的固氮能力，在黑龙江大豆示范中的增产效果已得到多数农户的认可。