一是农民进入市场组织化程度低。迄今为止，真正代表农民利益的新型合作经济组织发挥的作用还不够，普遍存在规模不大、管理制度不健全、改组解体过于频繁等问题。据不完全统计，我国各类农民专业合作组织有15万多个，加入农民专业合作组织的农户成员占全国农户总数的13.8%。

　　二是农民土地权益缺乏有效保障。农村改革以来，尽管我国一直在探索加强和扩大农民权利的途径，但农村土地制度仍不完善，农民的土地权利仍缺乏有效保障，侵犯农民土地权益的现象还大量存在。对全国2749个村庄的调查表明，村民上访反映最集中的问题是土地问题，因承包地流转问题引发的上访占26%，因土地征收、征用问题引发的上访占40%，合计为66%。从农村土地承包关系看，过短的土地承包期限和土地的频繁调整，使得农民对土地使用权缺乏安全感；随意解除土地承包合同、侵犯农民合法权益的现象经常发生，农民缺乏充分行使自己土地权利的能力；土地承包经营权权能仍不够充分，农民缺乏长期稳定的预期。土地问题的背后是利益分配问题。当前，土地问题之所以成为矛盾的一个焦点，主要是源于工业化、城镇化进程中巨额土地增值收益分配问题。在现行征地制度下，土地收益分配明显是向城市、向非农部门倾斜，农民得到的太少。对分布在四个省市1000多个被征地农户的调查显示，征地补偿费一般只够维持被征地农民6～7年的基本生活。如果在落后地区或者公益性项目征地，补偿标准更低，一般只够维持3～5年的基本生活。

　　三是农业支持和保护水平低，与财力增长状况不相匹配。2003～2008年，中央财政支农资金占财政支出的比重分别为：8.7%、9.3%、8.8%、8.4%、8.7%和9.8%。从财政“三农”支出所占比重看，财政支农力度与国家财力的增长状况还不完全匹配。从最近几年财政支农资金的支出结构来看，对农田水利的投入总体呈下滑趋势，农田水利设施建设严重滞后；对农业科研和科技推广服务的投入很低，农业科技支撑不足，农业科技成果到户困难；动植物防疫体系不健全，基层防疫力量相当薄弱，无法及时发现、及时处置动物疫情；政策性农业保险制度还处于探索阶段，缺乏现代农业发展需要的保险手段；对市场流通基础设施、食品安全等方面的投入偏低；农业生产成本大幅上升，农产品价格保护政策不健全，价格总体水平偏低，有些农产品价格大起大落，农业生产比较收益总体上处于弱势。农业支持和保护政策运作方式不规范，影响了整体效能的发挥。财政支农资金被层层分割，形成 “天女散花”的局面，导致资金使用分散现象比较严重，直接影响了投入效率。

　　四是农村金融改革明显滞后。当前农村金融体系存在的突出问题，首先是农村金融体系不完善。农业银行作为农村金融体系中的骨干和支柱，在为农服务方面发挥的作用还不够；农业发展银行功能单一，农村政策金融功能不健全，农业中长期政策性信贷投入严重不足；农村信用社发展不平衡，法人治理有效性不足、内部控制和风险防控能力薄弱等问题仍然突出，一些信用社脱农倾向明显，体制改革成效未能充分显现；邮政储蓄功能单一，吸收的存款极少用于支持农村；保险公司缺乏开展农业保险的积极性，农业保险覆盖面低，贷款风险集中于金融机构；新型农村金融机构数量少，农村金融市场竞争性不足；农村信用担保体系刚起步，农村信用环境不理想；等等。其次，农村金融产品和服务方式不适合农村特点。微型金融服务业是我国金融服务业中的“短板”，金融机构一般不愿涉足微型金融服务业。现有的各类小额信贷机构资金来源有限，可持续性差。各类银行业金融机构都把担保抵押资产是否充足，作为决定贷款的主要条件，这使得大量缺乏抵押品又难以找到担保方的小型、微型企业和农户的资金需求问题还没有得到解决。

　　五是公共财政覆盖农村范围有限。近年来，中央着力调整国民收入分配格局，覆盖城乡的公共财政制度建设开始迈出较大步伐。但由于历史欠账多，农村基础设施落后和农村公共服务供给不足的状况仍然没有大的改观。突出表现在，农村行路难、饮水不安全、供水难、环境污染难治理等问题仍然突出。城乡教育资源差距大，基本医疗服务城乡差距过大。我国农村社会养老保险、医疗保险、最低生活保障以及失地农民社保、农民工社保等社会保障制度还很不健全。