为实现全国闻名的辣椒种业基地的目标，着力培育具有自主知识产权的辣椒品系，石柱县将科研重点放在了深入研发适合不同生长条件，并在抗病能力、单产水平等方面具有优势的辣椒种子，建立起辣椒良种“育、繁、推”产业化体系，初步实现辣椒良种自供和区域外供。

　　据透露，石柱县已经在重庆境内的彭水县、忠县等区域对12个新品种进行区试栽培，加快“石柱红”辣椒品种鉴定进程；强化“南繁”科研及扩繁基地建设，完善了基础设施，扩大基地面积至40亩，同时新建“北繁”种子基地80亩，加快了新品种的育、繁、推进程。

　　石柱县还研制辣椒播种器、辣椒育苗基质，促进了辣椒商品化育苗推广应用，提高该县整体育苗水平。通过优化县内常规良种扩繁基地，重新选择条件较好的王家、桥头、三河建立了3个常规品种扩繁基地，配套建设育苗设施、烘炕设施，提高扩繁能力。

　　2012年共繁育杂交良种2980公斤，扩繁常规良种64302.5公斤（种椒），不但保证了本县辣椒良种需求，而且外销种子3万多亩。

　　全县已建成23个辣椒育苗中心，通过提升育苗水平，石柱辣椒由传统种植走向良种、良法并重的科学生产，辣椒单产由350-500公斤/亩提高到 常规良种750—1000公斤/亩，杂交良种1500—2500公斤/亩，生产效益显着提高，增强了农民种植辣椒的生产积极性。