同时，农业面源污染也加剧了大通湖的污染。大通湖流域的海拔为26-32米，而大通湖海拔为23-24米。在其流域范围内农田面积约52万亩，农业面源产生水污染物总氮量1885吨/年，总磷量157吨/年，其中55%的总氮、60%的总磷随雨水冲进沟渠河道，部分通过大通湖周边的38个湖口进入大通湖。2015年，大通湖的水质已经变成了劣Ⅴ类水质。

　　近年来，通过实施周边退养和生态修复，拆除围网，全面推进化肥、农药零增长等行动，水质也在逐步提升。“目前，水生植物已经恢复到20多种，水底的动物和水草种类恢复到了上世纪90年代末的水平。水质恢复到Ⅳ类水到Ⅴ类水之间。”大通湖区副区长刘文介绍，为了生态修复，当地还鼓励周边的水产养殖户发展水草产业。刘文是在大通湖边长大的，深感责任重大：“虽然水质有了改善，但还是希望这里的生态系统能够越来越好。”

　　目前，农业面源污染的治理工作也取得了一定成效。“水质变好了，群众的意识也提升了。”大通湖区农业农村和水利局局长向见军说，未来，大通湖区还将积极推行测土配方施肥、绿肥轮作种植等化肥减量技术，推广专业化统防统治和生物农药替代、农作物病虫害绿色防控技术等。