尽管我国在农业文化遗产发掘保护和传承利用方面取得诸多成就，但同时还存在一些问题，比如，尚未建立全国性的完善保护名录，高水平科学研究尚显不足，遗产地传统农业技术和知识传承存在一定的困难和挑战，畜牧业、渔业等方面的农业文化遗产发掘保护力度不够等。

加强农业文化遗产保护，进一步挖掘其经济、社会、文化、生态、科技等方面价值，今后应着力加强以下几个方面的工作。

一是提高对农业文化遗产的认识水平。尽管农业文化遗产的重要价值和保护必要性已经得到中央高层的重视和关注，但被全社会公众深入认识还需要继续努力。其中一个重要原因是宣传力度不够，因此应当真正将农业文化遗产纳入“中华优秀传统文化传承发展工程”之中。支持农业文化遗产保护示范基地建设，支持开展农业文化遗产及其保护的媒体宣传；支持编写出版介绍农业文化遗产历史与现实价值的青少年与幼儿读本；鼓励研学旅游活动优先到农业文化遗产地。

二是加强农业文化遗产的系统整理和研究。农业文化遗产关乎品种资源、农作制度、技术体系、民俗等多个方面，涉及农学、历史学、生态学等多个学科，是一项复合型与综合性的文化遗产，需要学者联合当地政府、居民，做进一步的调查、整理和研究工作。按照科学、规范的标准，对重要农业文化遗产地包括作物、畜禽、水产、农业微生物在内进行全面普查、系统调查与抢救性收集。深入挖掘农业文化遗产价值，做好申报国家、世界重要农业文化遗产的基础和准备工作，积极探索其保护和利用的途径和方法。

三是探索农业文化遗产利用的示范模式。积极推进农文旅融合发展，充分挖掘当地农业文化遗产蕴含的文化和智慧，开发相关旅游产品，将旅游作为带动遗产地经济发展、提升遗产地品牌价值及改善居民生计的重要方式。如桑基鱼塘系统把研学游作为特色，形成科普研学体验基地；红河哈尼稻田系统将梯田观光与摄影、民族文化、生态康养等相结合，为游客提供丰富的旅游体验。还有些农业文化遗产地探索主题性旅游产品，建立主题餐厅、主题博物馆等，努力将农遗特色呈现给游客。

四是加大畜禽和渔业农业文化遗产发掘保护力度。65项全球重要农业文化遗产中，畜禽和渔业农业文化遗产仅有11项，138项中国重要农业文化遗产中，养殖系统农业文化遗产仅有13个，其中渔业更少，分别只有1项。因此，加大畜禽、渔业农业文化遗产发掘保护力度非常必要。首先，摸清中国畜禽和渔业遗传资源家底，同时启动畜牧业和渔业遗传资源保存理论与技术研究、系统保种研究等项目，开展种质特性和遗传多样性等方面研究。其次，尽快发掘优秀畜禽和渔业养殖系统农业文化遗产，同时挖掘传统游牧、渔业生产生活方式及音乐舞蹈等非物质文化遗产。

五是建立农业文化遗产利用的补偿机制。尊重农业的主体地位。时刻将农民的利益摆在首位，保护农民的政策知情权、决策参与权和利益分配权。在农业文化遗产地保护区全面落实生态补偿制度，建立国家层面的保护资金项目，推动建立地方保护基金，面向遗产地保护区给予生态保护适当补助。建立农业文化遗产保护专项基金或特殊补贴，用于农业文化遗产生态补贴、传统品种保护、保护区建设、科研合作项目、科研人才培养等工作。