1、农村乡镇交通欠发达，运输不畅，物流成本增高。间接增加了农资商品的价格水平。 
    2、原农村基层农资销售网点大多改制，转型经营后无序竞争，经营分散、规模普遍很小，个体工商户和夫妻店多，经营管理不规范，给假冒伪劣以可乘之机。 
    3、政府部门将传统农资商品农药作为化学危险品管理，人为提高了对农药仓储条件的要求，而农资连锁企业要真正做到品种系列化经营、提供“一站式”服务，就必须加大对基础设施的投入，而农资连锁经营企业面对的是农资商品价格控制，毛利低、积累少、再生产能力弱。 
    4、资金瓶颈。苏农连锁公司承担着政府淡储旺供任务，淡季储存化肥需要大量的资金，但现在商流企业自有资金较少，银行贷款难以落实，给保证化肥储存带来了较大困难。政府应帮助协调企业与银行的关系，确保落实化肥储备任务的完成。 
    5、在农村发展农资连锁经营网络还存在以下障碍： 
    一是农资连锁网点的设立在一些地方受到地方保护主义的制约。 
    二是农技部门拥有病虫害预报等方面的专业优势，具有医生和药房“老板”双重身份等；其他农资经营单位由于信息不对称、不通畅，却难以做好和扩大农药经营。 
    三是基层执法部门对农资经营一方面“多头执法”，另一方面监管力量薄弱，有的既是经营者又是“执法者”。而且往往对账薄齐全、核算规范的连锁经营企业多头检查，影响企业正常经营；而对无证经营或无规范账薄的个体或承包户，则检查较少或根本无法检查。 
    四是农资连锁经营税费负担较重，时有乱收费乱罚款现象发生。 
    四、建议 
    1、将农资连锁经营基础设施建设列入政府公用事业建设项目。支持省级农资连锁龙头企业的农资配送中心、县级连锁网点基础设施、信息化管理系统等项目的建设，并纳入政府支持“三农”发展的基础设施建设中去，给予资金扶持或项目建设资金补贴。 
    2、将主要农资经营单位组织农资商品的资金在贷款政策上给予支持，对省级农资龙头企业的优先考虑评定为省级农业产业化龙头企业，并明确列入农业发展银行支持范围。优先支持农资连锁龙头企业上市运作，促进做大做强。 
    3、建议将化肥等重要农资商品的运输列入优先、必保的运输计划，并实行优惠运价。 
    4、降低连锁企业汇总纳税的门槛，支持连锁企业网络建设。 
    5、减免农资连锁企业“防洪保安资金”、“市场物价调节基金”、“粮食风险基金”等“三金”，改变按销售额计征方式，降低农资连锁企业负担。 
    6、强化农资行业协会工作，充分发挥其行业引导、行业自律和行业准入管理的作用，扩大对市场经济运行规则和国际通行办法的适应性，以应对我国加入WTO后的挑战和机遇。