伴随着化肥优惠政策和进出口关税政策调整的，是中国政府和地方政府对化肥市场价格的干预措施。

2004年———7月12日，国家发改委发改电字[2004]120号《关于进一步做好化肥供应工作稳定化肥价格的紧急通知》中规定，合成氨年生产能力在30万吨以上的氮肥生产企业尿素出厂价格，仍实行政府指导价，中准价为每吨1400元，最高上浮幅度不得超过10%，下浮不限。列入地方定价目录的其他化肥产品出厂价格，由各地价格主管部门根据供求状况和生产成本（磷酸二铵需扣除财政补贴），参照大型氮肥企业出厂价格，按照保本微利的原则制定。未列入定价目录的化肥产品出厂价格，各地价格主管部门应采取最高限价或提价申报制度、调价备案制度等形式进行监管。对化肥批发零售价格，仍实行进销差率、批零差率或最高限价等形式管理。对单位价值较低的碳铵等品种，差率水平可适当扩大。经营环节需储备较长时间的，储备费用和利息可据实另加，或在差率水平中予以适当考虑。

2005年———国家发改委出台限价措施。从2005年7月1日起，对尿素生产企业的出厂限价（1500元／吨±10%）的范围，从年产合成氨能力为30万吨以上扩大为15万吨以上的生产企业。

2006年———发改委、财政部共同出台发改价格[2006]124号文《关于做好2006年化肥生产供应和价格调控工作的通知》，将尿素出厂政府指导价上浮幅度由10%提高到15%；下浮不限；进口钾肥港口交货价格，由政府定价改为政府指导价，上浮幅度为3%、下浮不限。对化肥批发和零售，从出厂到零售的综合经营差率原则上不得超过7%。

2007年———延续了2006年的限价政策。但由于国内外化肥及原料市场发生了极大的变化，导致限价政策难以执行。

2008年———国家发改委1月22日发出通知，要求各地价格主管部门加强化肥价格监管，稳定化肥价格。主要内容是：各地要加强化肥生产流通领域的价格监管。中央管理的大型企业生产的尿素出厂价格不作调整；地方价格主管部门管理的尿素、磷酸二铵、复合肥等化肥出厂价格，因成本上升确需调整的，价格主管部门应当在严格审核成本的基础上合理确定价格；未纳入价格管理范围的化肥出厂价格，继续按规定实行提价申报和调价备案制度。对化肥批发零售环节继续实行进销差率、批零差率或最高限价管理，化肥从出厂到零售环节的综合差率原则上不得超过7%。

中国政府的化肥优惠政策主要是为了保护农民利益，所以，对化肥市场采取限价政策就在情理之中。限价政策是一种临时性政策，符合中国国情。虽然市场性不足，但有助于保证市场供需间的平衡，这种限价政策的取消，有待于下游粮食政策的完全放开。