目前草甘膦常用的合成路线分为甘氨酸路线和亚氨基二乙酸（IDA）路线，IDA路线又可分为氢氰酸和二乙醇胺路线。每种路线由于所用原料和方法的不同，各有优劣势。国内大部分采用甘氨酸-亚磷酸二甲酯和二乙醇胺-IDA路线。

不同路线成本组成各不相同，优缺点各不同。其中最具成本优势的是以丙烯酸副产物氢氰酸为原料的生产路线，孟山都即采用这种方法，然而国内草甘膦生产企业很难获得这种廉价的原料。中国最主要的工艺路线是甘氨酸-亚磷酸二甲酯-草甘膦路线，占到全国产能的70%，其次为二乙醇胺-IDA-草甘膦路线，占30%。

目前，华星化工正在积极运作天然气-氢氰酸-羟基乙腈-亚胺基二乙腈-亚胺基二乙酸的生产项目，投产之后将使草甘膦成本在目前的水平上每吨降低约3000元。