疫菌褐腐病主要危害柑橘幼嫩梢枝(称为苗疫病)、树干(称为脚腐病或裙腐病)、果实(称为褐腐病或疫腐病)。

苗疫病

被害枝梢和叶片呈沸水烫状枯死，病斑不定形，淡褐色至褐色，潮湿时，病部有少量白色霉层，与炭疽病的主要区别在于病部是否滋生小黑点。

脚腐病

一般危害主干的根颈部位，初期呈现黄褐色水渍状，基部树皮腐烂，具较强刺鼻酒糟气味，并流出褐色胶液。

气候干燥时，病斑干裂，天气潮湿时，病部扩展快、皮层腐烂，并向根颈四周扩展，当根颈腐烂环割整个树干基部时，引起植株大量异常落叶，严重时树体枯萎死亡。

褐腐病

果实发病时，病斑近圆形，褐色水浸状、病部质地坚实，病健部分界限分明，湿度大时迅速扩展到全果，有酒味。