化肥大量使用，虽然增加了土壤养分，可也带来土壤养分不平衡、生理性病害大量发生等问题，反过来为果实品质拉低分数。而果农依赖化肥，与果园施肥存在的问题密切相关。

2014年《全国农产品成本收益资料汇编》数据表明，2013年我国苹果每亩化肥（N+P₂O5+K₂O）用量为63.9公斤，远高于世界苹果生产发达国家每亩30公斤的平均线。通过有机肥投入的养分量，仅占养分总投入的20%~30%左右，每亩施用量在130~1000公斤，而日本一般要求每亩果园有机肥施用量在1000~2000公斤，加拿大更是高达3800~7600公斤。我国果农施用的有机肥多用鸡粪，其次是牛粪、猪粪、土杂肥、豆粕、兔粪、羊粪等，而改土效果好的生物菌肥施用比例很小，仅在1%左右。