轮作换茬。在茬口安排上要与大白菜、甘蓝、大蒜、大葱等作物实行5年以上的轮作，可减少或杜绝辣椒根腐病发生概率。需要购买苗子的绝对不要在发病区购买，以有效杜绝因购买苗子而引起辣椒根腐病的传播发生。　 

    科学管理，整地时一头要挖好排水沟；采用垄栽，做成90厘米的垄距，一垄栽双行，既利于提早封垄，又利于通风采光和田间管理；使用充分腐熟的有机肥；中后期追肥，采用配制好的复合肥母液随浇水时浇施，防止人为造成辣椒根部受伤。
 
  　发病田消毒杀菌。在辣椒田里发现一株或几株出现中午萎蔫，晚上稍恢复的情况，就应立即拔除，带出田外烧掉，然后用护树大将军喷施病害区及附近区域消毒杀菌。
 
    药剂灌根。定植缓苗后，在发病前用护树大将军+根施通灌根能诱导病毒集结，供护树大将军靶向消毒，抑制根部病毒传导式感染及叶片和果实，保养植株输导系统健康工作。