小麦赤霉病是一种真菌病害，主要危害麦穗。病菌在小麦扬花期侵染，使部分小穗枯死，有的在中部，有的在上部，这和小麦开花习性有关。遇潮湿天气可扩展到全部小穗，使之变黄褐色或青枯状，并且在小穗基部或颖壳接缝处生出粉红色霉层，因此也俗称红麦头。病菌侵染茎秆，特别是穗下1~3节和叶鞘，造成秆腐，使上部茎叶干枯并形成白穗。小麦赤霉病菌不仅直接危害结实器官，降低产量，还能产生毒素，危及人畜安全。
    小麦赤霉病菌具有较强的腐生能力。病菌可在病麦穗、稻桩和玉米秸秆上腐生越冬，来年形成一种叫做子囊孢子的传播体，随气流传播。近些年，赤霉病在北方有所增加可能和小麦—玉米轮作制有关。而要预测病害在当年的发生程度，小麦扬花期至灌浆期的降雨量和降雨次数都是最重要的依据。因此，也有人说它是典型的气象型病害。
    防治小麦赤霉病首先要注意深耕，消灭小麦、玉米秸秆和稻茬，减少菌原。其次是选用抗耐避病品种，种植抽穗整齐、花药残留期短、灌浆速度快的品种。另外，追肥不能过晚，保证小麦发育整齐，不贪青晚熟，也会减少病菌侵染机会。
    喷洒药剂是防治赤霉病的必要措施。最好在小麦始花期 （扬花10%～20％）进行。根据当地气候变化和小麦开花期整齐程度可能间隔7天再防治一次。
    防治药剂以往常用多菌灵和甲基硫菌灵，近年不少地区出现抗性菌株。南京农业大学周明国教授指出使用多菌灵还会提升麦粒中毒素含量，建议在小麦赤霉病防治中停止使用多菌灵。可以选择25%戊唑醇（又名立克秀）乳油2500倍液、50%咪鲜胺锰盐、50%咪鲜胺锰络合物 （又名施保功）1000~2000倍液、25%氰烯菌酯悬浮剂每亩100~200克或使用它们的复配剂，如63.5%咪鲜胺锰盐·多菌灵可湿性粉每亩22~24克。
    南方多雨，要抢晴天喷药，遇连阴雨天气可适当增加浓度，尽量使用超微粉或胶悬剂以获得好的防治效果。