防治措施：（1）严格处理菇棚。在菇棚启用前使用蘑菇祛病王进行地毯式喷洒，密闭2天后，地面按每平方250克用量撒施石灰粉，而后可移入菌袋。（2）发菌期间喷药预防。每5天左右喷一次蘑菇祛病王100倍液、金星消毒液50倍液，或菌绝杀200倍液等，注意药物不要直接喷洒菇床或菌袋。3）严格处理覆土材料。菌墙或畦式栽培时，尤其使用地表土、菜园土及老菇区就地取土时，一定要使用药物进行杀菌杀虫处理，基本方法是：先将土晒干、压碎，喷洒60倍蘑菇祛病王和600倍辛硫磷，边喷边拌，拌匀后覆膜堆闷，约7天后即可揭膜、摊开，晾除异味后即可使用。（4）发病初期，迅速将病区并扩大10厘米左右挖除处理，并随即撒施菌绝杀药粉封口，注意停止菇棚喷水，并加大通风量，有条件时应尽量降低棚温。（5）非特殊情况，不要随便串棚，尤其高发病地区、连片种植区域的菇农，应禁止串棚，以防交叉感染。
   2、平菇萎缩病：又称猝倒病、干腐病等。病原菌为镰孢霉，染病菇体停止生长，并呈失水状萎缩，菇体色泽变暗、变褐、变干，下潮菇难以发生，严重时不再转潮。
   防治措施：参考平菇软腐病。
   3、平菇块菌病：又名核桃肉状菌、胡桃肉状菌、牛脑菌、假块菌等。可以危害多种食用菌，但以覆土栽培时尤甚。随着时间延长，子囊果由乳白色质变为浅黄奶油色、暗褐色，即已达成熟期。发病区域只菇不出，多种药物单独或联合使用时，效果很差，使生产损失惨重。
   防治措施：（1）平菇可采取不覆土的立体栽培方式，避免与土壤接触，可降低病害的发生概率。（2）原发病区，应当使用60、180倍硫酸铜联合处理菇棚，并同时处理拌料场所，尽量避免病菌孢子进入基料。（3）发菌及出菇期间，坚持预防性用药，如80倍蘑菇祛病王等。（4）发病初期，将覆土连同基料扩大5厘米范围挖除，清理出棚，焚烧处理。（5）发病中后期，摘除子囊果，挖除基料。
   4、平菇大纽扣病：亦属子囊菌。在即将出菇或出菇过程中，在料表或覆土层表面生长一些小白点，即其子囊果，初始误为是幼蕾，但永不分化菌柄菌盖，随后逐渐长大，呈瘤状，并逐渐加深色泽，后变为棕褐色，病区不再出菇。
   防治措施：参见“平菇块菌病”。
   5、平菇褐腐病：又称白腐病、水泡病等。发菌阶段感染病菌时，可在料表或覆土层表面长出白色绒状菌丝，并形成团块，很快，由白转黄褐色并分泌出黄褐色水珠，如同浅色酱油；幼蕾阶段感病时，则子实体形成团块状的菌肉组织，不能分化出菌柄菌盖，该感病菇体由白转黄后不久即可腐烂，并出现臭味；幼菇阶段感病后，则表现为菇体畸形，菌柄粗肿、菌盖特小，表面有绒状菌丝，数日后菇体腐烂并现出褐色汁液；子实体感病较晚时，只在菌盖表面出现少许凹陷的褐色病斑，若采收及时，该病斑基本不影响销售。
   防治措施：（1）严格处理菇棚，参见前述相关内容。（2）进行畦式或菌墙栽培时，严格处理覆土材料。（3）拌料及基料处理场所，事先用500倍多菌灵、60倍蘑菇祛病王等药物进行喷洒杀菌。（4）发菌期间，进行预防性用药，参见前述相关内容。（5）发生病害后，立即停止喷水，降低湿度，清理病区，并喷洒80倍左右蘑菇祛病王、或直接用菌绝杀等药物覆盖，而后填充新土。
   6、平菇褐斑病：又称干泡病、干枯病、菌斑病等。该病害症状与褐腐病极为相似，菌生轮枝霉感染后的病菇色泽变浅、质地偏干似脱水状，既不分泌出褐色汁液，也不散发臭味；但后期发病时在菌盖上的病斑却极为相似甚至相同，一旦感病，传播速度较快，危害较重。
    防治措施：（1）参见前述进行菇棚及场所处理和预防性用药。（2）科学合理地调配基料营养，一般平菇生产中，加入食用菌三维营养精素是较好的措施，用量为每袋拌250千克（棉籽壳）干料。（3）合理追肥。畦栽食用菌时，采收一潮菇后，及时追补营养，也是重要措施之一。（4）发现病害，参见前述进行处理。
   7、平菇黄斑病：又名黄菇病等，病原菌为异形葡枝霉，生产中发生较重。感病菇体不再生长，也不出现畸形，亦无病斑，菇体感病后2天左右即变软、发黄，继之变褐、腐烂。病菇周围出现白色絮状物，覆盖区内不再出菇；实验室培养时其菌落为白色絮状菌丝，后结球出现浅黄色斑块，培养基底部初为白色，渐变为浅黄、金黄色。