一、发菌期间的杂菌及防治措施
  1、木霉：俗称绿霉、绿霉菌等，这是生产中发生最普遍、危害最严重的杂菌之一，不论制种还是栽培，也不论生料、熟料、发酵料，发菌期间均可发生，甚至在出菇阶段也有发生，并且发生的温度范围也越来越广，有的地区曾发生毁灭性污染，木霉就是主要杂菌之一。
   防治措施：（1）制种或熟料栽培拌料时，按0.1％比例加入克霉灵并严格灭菌，以彻底杀死其孢子；生料栽培时，可按0.15％比例添克霉灵药物。发酵料栽培时，加克霉灵后，基料仍要发酵均匀，尽可能多的杀死或抑制其孢子。（2）科学调配基料组分，使营养全面、均衡，实践证明，基料中加入食用菌三维营养精素，增强菌丝的抗性，亦可有效抑制杂菌。（3）接种操作要严格、规范，不使霉菌孢子落于料中。（4）菌种或菌袋发菌以及出菇期间，每5天左右对菇棚空闲处喷洒500--1500倍细菌杀溶液有效的预防黄菇病。（5）发现木霉后，及时予以菌绝杀药粉直接撒施覆盖污染区，也可对配菌绝杀150倍左右溶液浸洗菌袋、培养室喷施40倍蘑菇祛病王、挖除霉点等处理。
   2、曲霉：又称黄曲霉、黄霉病等，是目前除木霉外第二大杂菌品种。该霉菌除直接与食用菌菌丝争夺营养和水分以及生存空间外，还可分泌毒素严重危害食用菌菌丝；同时，其毒素还是一种致癌物质，严重危害人体健康。
   防治措施：（1）参考木霉菌的相关内容。（2）培养室使用蘑菇祛病王和消毒粉进行严格消毒杀菌处理，将菌种移入后，应阻止无关人员随便进入。（3）发现初期污染时，小心移出培养室，对栽培袋采取切开塑膜、直接撒施菌绝杀药粉或150倍菌绝杀溶液浸洗等措施，对菌种则可挖除病斑后再用药；对污染较重者，应予以深埋或焚烧处理，以防造成二次污染。
   3、毛霉：又称长毛菌、黑霉菌、黑毛菌等。毛霉的典型特征是菌丝发展迅速，成熟后其黑色孢子很快生出，适宜条件下，7天内其菌丝可将菌袋表面占领并变为黑色，严重时可使食用菌菌丝不再发展，危害较大。
   防治措施：（1）首先清理接种室及培养室内外卫生，室外喷洒500倍多菌灵溶液，曾有毛霉发生的室内喷洒40～80倍蘑菇祛病王溶液后，再按每立方米空间4克的用量使用消毒粉进行熏蒸，密闭门窗2天后启用。（2）接种箱用消毒粉熏蒸，培养架用苯酚5％水溶液擦洗，注意身体防护。（3）接种室、培养室应用空调器降温25℃，降湿至70％以下。（4）发现初期污染时，将污染袋包严移出室外，对配50倍蘑菇祛病王或施保功溶液，将污染袋浸入其中2～3分钟，杀死霉菌后再行处理，不可随丢乱弃，造成二次污染。
   4、青霉：因其孢子色泽与木霉相近，故又有绿霉等称谓。
   防治措施：参考木霉的防治措施。发现污染，及时清出进行处理，以免孢子散发、蔓延。
   5、酵母菌：又称酸腐病。
   防治措施：（1）基料中适量添加如菌绝杀等药物，或按0.3～0.4％比例加入保成功等；此外，基料含水率要适宜，勿使过高。（2）常压灭菌时，一定要规范操作，曾严重发生该菌污染的生产场所，可采用间歇灭菌法，即次日再灭菌一次，以确保生产效果。（3）接种操作应规范，接种室、接种箱及培养室使用消毒粉熏蒸处理、喷洒蘑菇祛病王等药物进行处理。（4）作为预防措施，培养室应每5天左右喷洒一次100倍蘑菇祛病王，但应以地面空闲处、作业道以及门口、通风口等处为主，不直喷料面。（5）菌袋品温偏高、菌丝异常发展时，即应开袋检查，有强烈酒酸味产生时，可确定已被酵母菌污染，采取灌注5％石灰水上清液的办法即可控制，但应将菌袋直立，解开扎口，以使多余水分排出，否则，反而更将加剧污染。（6）料床发生该菌污染时，可浇施200倍菌绝杀溶液，或喷施800倍克霉灵溶液。
   二、出菇期间的病害及防治措施
   1、平菇软腐病：该病同名而症状不同、亦即病原菌不同，主要为树枝状葡枝霉，有的菇农亦将某些细菌性病害与其混淆，故又称腐烂病等。其典型特征是有不同于食用菌的白色菌丝在畦床表面呈蛛网状生长，并迅速蔓延，覆盖床面，包围子实体，子实体基部被其菌丝围绕后即感病，病菌沿其菌柄向上蔓延，最后表现为子实体停止生长，并色泽发暗、迅速变软、发黄、变褐，继之腐烂。该病菌侵染与细菌侵染的最大区别在于：尽管腐烂的症状相似，但腐烂的菇体不臭。