由于多年的连续种植，椒苗病虫害发生较多。但因为我们基本上掌握了其发生规律和防治方法，病情一般在初发期就能控制，而不至于产生重大危害。虫害只有蝼蛄、蚜虫；病害主要有猝倒病、立枯病、菌核病、灰霉病、灰斑病和褐斑病，沤根、冻害、肥害等，现将防治情况介绍如下：
     (1)蝼蛄：种类为非洲蝼蛄，其密度有时高达到3只／平方米，主要咬食播下的种子和幼苗。若不进行防治，可将整畦种子和幼苗吃光，或将表土钻松，使菜苗因失水而枯死。过去采用甲胺磷处理床土，近几年则改用播种后撒施3％的米乐尔颗粒剂加以防治，施用量每平方米2．3--2．5g左右。撒后盖土、浇水、盖膜，第2--4d中每天将畦沟中的膜掀起人工捕捉半死不活的蝼蛄，防效可达95％以上。
     (2)蚜虫：一般于2月下旬至3月少量发生，可用10％吡虫啉4000倍液与其它病害同时防治。
     (3)猝倒病：主要发生于苗子出土至子叶期，发病的关键原因在于播种时土壤过湿，而出苗时又正遇阴雨低温天气，若防治不及时，会造成整畦死亡。防治方法包括：①土壤消毒：播种前或播种后用40％甲醛1000倍或50％多菌灵1000倍液浇床土，用量为41／平方米液，然后盖膜封闭杀菌。②药剂防治：出苗后发病可用95％绿亨1号3000倍液喷施。③科学管理：播种时掌握近期天气变化情况，晴天可多浇水，阴雨天少浇；若播种时阴雨天，出苗时又是晴天，则可于出芽前1、2d的上午浇一次水，尔后再闭棚，以利出苗整齐。出苗后及时搭小拱棚(特别是用新膜盖床苗更要注意)，齐苗后通风降湿。
     (4)立枯病：主要在苗前期零星发生，防治方法同猝倒病。
     (5)菌核病：一般于1月至2月初发生较多。发生时期的迟早主要取决于当时的天气状况和苗床管理。如果久雨低温，多日闭棚，使棚内湿度达85％以上，则是该病发生和蔓延的主导因子。此病借气流传播，发展迅速，发病处出现软腐或白色棉絮状菌丝，并通过接触进行再侵染，造成大片死亡。受伤后的植株更易染病。防治方法有：①土壤消毒同猝倒病。②种子消毒：按种子重量0．2％--0．3％加入50％多菌灵可湿性粉剂拌和，使每粒种子表面都均匀粘附药粉，或用52℃温水浸种30min后用冷水冷却。③农业防治：低温阴雨期间也要坚持每天通风2--4h，这是防治本病的关键措施，特别是采用无滴膜时更应注意，当出现中心病株后，在病株上撒上石灰粉，次日再将病株清除棚外深埋。④药剂防治：发病后立即用50％多菌灵可湿性粉剂1000倍+50％扑海因悬浮剂1000倍+0．3％磷酸二氢钾喷雾防治，或用5％扑海因烟剂或45％百菌清烟剂，每棚(30X60m)次用100g熏治，隔10d一次，连续防治2--3次。
     (6)灰霉病：此病近几年在我地有加重趋势，一般在1月下至3月上旬发生较多，2月份最严重，低湿阴雨，棚内长期处于90％的湿度下易发病。防治方法：①农业防治：低湿阴雨期每天通风2--4h，防止棚内湿度达90％以上。据我们多年试验，无滴膜最易产生雾气，第一年使用虽棚温可提高1--3℃，但发病严重，故有条件可采用最近生产的无滴除雾膜。新膜在第二年用时，一定要翻转来盖，否则，棚面会产生大量水珠，加重发病。②高温闭棚：天阴时，闭棚使棚温达33℃，闷30--60min。③药剂防治：50％扑海因悬浮剂1000倍、50％速克灵可湿性粉剂2000倍，25％霉粉净可湿性粉剂2000倍，20％好来思可湿性粉剂2000倍，70％托霉克可湿性粉剂800倍，几种农药交替使用或2种药混合使用，隔7--10d一次，连续2次。
     (7)灰斑病和褐斑病：主要为害叶片，在田间有时混发，一般是四叶后开始发病，严重时叶片变黄脱落，甚至成秃枝。病菌借气流展转传播蔓延，严重影响苗子生长和商品性。防治方法：①农业防治：加强田间管理，苗床浇水时一定要看天看地看苗浇，而不要千篇一律地浇水。根据天气变化情况，选晴天上午浇水，浇水后最好是能连续晴1--2d，否则浇水后棚内湿度增加，再遇阴天即有利于病害发生蔓延；如土壤过干，连续几天都是晴天，则应一次性多浇。如果天天上午浇水，则使叶片长时间有水珠，病害容易发生；浇水后要加大通风，延长通风时间，不能浇闭门水；播种密度不能过大。②农药防治：3--4叶时一定要喷药预防，以后每10d一次。此病据目前在田间观察，长期使用1--2种药会产生抗药性，因此一定要轮换使用，或几种农药混合并轮换使用。有效药有：75％百菌清可湿性粉剂800倍液，20％好来思可湿性粉剂2000倍液，70％霜疽净可湿性粉剂800倍液，40％椒菌唑可湿性粉剂1000倍液，10％世高水分散粉剂2000倍液，70％甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，77％氢氧化铜可湿性粉剂800倍液，66％铜大师(CuO)1000倍液，1：1：200波尔多液(注：最好是铜制剂与其他农药交叉进行防治效果更佳)。