无土栽培基质长时间使用后会聚积病菌和虫卵，尤其在连作情况下，更容易发生病虫害。因此，下茬一次使用前一定要对基质进行消毒处理。基质消毒罩常用的有蒸汽消毒法和化学消毒法。 1、蒸汽消毒法。 此法简便易行，经济实惠，安全可靠。凡在温室栽培条件下以蒸汽进行加热的，均可进行蒸汽消毒。方法是将基质装入柜内或箱内(体积1-2立方米)，用通气管通入蒸汽进行密闭消毒。一般在70-90℃条件下，持续 15-30分钟即可。 2、化学消毒法 所用的化学药品有甲醛，甲基溴(溴甲烷)、威百亩、漂白剂等。 (1)40％甲醛 又称福尔马林，是一种良好的杀菌剂，但对害虫效果较差。使用时一般用水稀释成40-50倍液，然后用喷壶每平方米20-40升水量喷洒基质，将基质均匀喷湿，喷洒完毕后用塑料薄膜覆盖至少24小时。使用前揭去薄膜让基质风干两周左右，以消除残留药物危害。 (2)氯化苦 该药剂为液体，能有效地防治线虫、昆虫，一些杂草种子和具有抗性的真菌等。一般先将基质整齐堆放30厘米厚度，然后每隔20-30厘米，向基质内15厘米深度处注入氯化苦药液3-5毫升，并立即将注射孔堵塞。一层基质放完药后，在其上铺同样厚度的基质，打孔放药，如此共铺2-3层，最后覆盖塑料薄膜，使基质在15-20℃条件下熏蒸7-10天．基质使用前要有7-8天的风干时间，直接使用时危害作物。氯化苦对活植物组织和人体有毒害，使用时务必注意安全。 (3)溴甲烷 该药剂能有效地杀死大多数线虫、昆虫、杂草种子和一些真菌。使用时将基质堆起，然后用塑料管将药液喷注到基质上并混匀，．用量一般为每立方米基质 100-200克。混匀后用薄膜覆盖密封2-5天，使用前要晾晒2-3天。溴甲烷有毒害作用，使用时要注意安全。 (4)威百亩 威百亩是一种水溶性熏蒸剂，对线虫，杂草和某些真菌有杀伤作用。使用时，1升威百亩加入10-15升水稀释，然后喷洒在10平方米菱质表面，将基质密封，半月后可以使用。 (5)漂白剂(次氯酸钠或次氯酸钙) 该消毒剂尤其适于砾石、砂子消毒。一般在水池中配制0．3-1％的药液(有效氯含量)，浸泡基质半小时以上，最后用清水冲洗，消除残留氯。此法简便迅速，短时间就能完成。次氯酸也可代替漂白剂用于消毒。