通常来讲，水溶性复混肥配方更合理，养分更多元，对作物更有针对性。但生产中使用不合理，也会造成肥料的浪费甚至起负面作用。我认为水溶肥料的合理施用需注意以下这些问题。
一是少量多次施用。这是水溶肥料最重要的施肥原则，符合植物根系不间断吸收养分的特点，减少一次性大量施肥造成的淋溶损失。少量多次施用是水溶肥料利用率高的最重要原因。一般每次每亩用量在3～6公斤。
二是注意养分平衡。水溶肥料通常浇施、淋施或通过灌溉设备施用。特别在滴灌施肥条件下，根系生长密集、量大，这时对土壤的养分供应依赖性减小，更多依赖于通过滴灌提供的养分。对养分的合理比例和浓度有更高要求。如果配方不平衡，会影响作物生长。
三是安全施用。防止肥料烧伤叶片和根系，特别是喷灌和微喷灌施肥，容易出现烧叶现象。通常控制肥料溶液的EC值在1～3mS/cm，或每方水溶解1～3公斤，相当于稀释350～1000倍。或喷施肥料后喷一次清水。淋施浇施时同样要防止浓度过大烧根烧苗。有些种植户一方水加入70公斤水溶肥料淋菠萝，造成根系死亡、发黑。生产中最保险的办法就是用少量肥做试验，发现对叶片有伤害时降低浓度应用。对一些大的种植户购买手持电导率仪来监测肥料浓度是一种可行的办法。