微生物肥料是一类含活性微生物制备而成的肥料。由于其应用在农业生产中能获得特定的肥料效应，所以成为农业生产用肥中重点发展的新型功能性肥料品种之一。
　　中国环境学会固废处理专家委员会委员、中国植物营养与新型肥料专业委员会委员、山东临沂大学生物化工工程技术中心主任吕庆淮认为，功能性肥料是采用新材料、新技术、新工艺、新设备改变原有品种或剂型而创造的具有肥料性能，同时具有某一种或几种不同特性的新型肥料。其主要特点是能够提高肥料利用率、保证粮食安全、减少环境污染、满足作物生长的需要等。有些功能性肥料还具有改良土壤、杀虫和除草等功能。
　　微生物肥料利用微生物的生命活动及其代谢产物的作用改善作物养分供应，向农作物提供营养元素、生长物质、调控其生长过程，其生产成本低、不污染环境、可消耗城市、农村废弃物，实现无害化、肥料化。吕庆淮表示，微生物肥料不仅具有肥料性能，还有其特殊性能，所以会成为国际上当前和今后一个时期新型肥料研究和开发的热点领域之一，代表新型肥料研究和发展的一个方向，因此，微生物肥料产业将成为可持续农业的一个重要方面。