马英九当选后，负责撰写白皮书农业政策的陈武雄（李登辉时期的农委会副主委）接任农委会主委，开始更积极地辅导农民转向有机耕作。在金融风暴后，马政府喊出“六大新兴产业”，其中再度强调“精致农业”。

   2008年底，有机农业面积为2356公顷，到2011年3月便已达到4123公顷—三年内几乎翻了一倍，占全台耕地面积的0.5%。

   除了政府积极鼓励有机农作之外，部分宗教团体与企业也成为重要的有机农业发展的推手：例如2009年“八八风灾”重创南台湾山地乡镇，灾后的重建中，郭台铭的鸿海集团就在高雄县杉林乡，利用佛教慈善组织慈济的54公顷土地建立农场，培育灾民从事有机农业，自立更生。

   不过，一个问题开始出现：随着农作面积不断扩大，“认证商机”也水涨船高，很多冒牌产品开始出现。

   2001年政府开放有机认证的资质给民间团体时，全台湾当时只有四家认证团体；2009年5月达到8家；两年后的2011年，已增至13家，认证范围包括农粮产品、农粮加工品、畜产品，检测项目包括当地环境（土壤、水等）是否符合无污染标准，以及耕作过程中是否违规使用人工化学品。如果通过检测，就可发给 “CAS台湾有机农产品”标章。

   由于“有机”逐渐成为时尚，因此各种明明没经过有机验证却自我标榜有机的农产品，在市面上大量出现。因此2007年，台湾开始实施《农产品生产及验证管理法》，将“有机农业”及其产品纳入政府的法律规范。2009年初，《农产品生产及验证管理法》修正，严格规定没有认证的厂商，不但不能冒用CAS有机标章，甚至不能在包装商品品名时使用“有机”字样，如果违反就要开罚。

   不过尽管如此，商人们仍然用尽各种方法去“钻漏洞”：既然“有机”不能使用，许多业者就标榜“天然”、“自然”、“无毒”等。因此，政府单位只得不断砸钱作公益广告的宣传，要民众认清楚：只有CAS有机标章，才是政府可以以信用保证的有机产品。

   如果已经取得CAS有机标章的产品，却在政府的抽检中被发现不合格，则不只产品必须下架，还会抽回其有机标章以及参加验证的资格。如果违法使用化学肥料或农药，要罚款新台币30000－150000元，并且依据犯规情节严重程度，对外公布农场身分。若是擅自使用有机产品标章的累犯业者，最高可罚100万元新台币。

   不过，说到台湾的有机农业，也不能不提绿色吉园圃。

   大陆有有机农产品和绿色农产品之别，前者是指在生产加工过程中，不使用任何人工合成的化肥、农药和添加剂，后者是指有限度地使用化学合成物的可持续农业。而在台湾，比较接近“绿色农产品”的，是1994年开始推动“CAS吉园圃安全蔬果”标章。“吉园圃”可说是将被动的“检查不出农药残留”，转变为正面标榜“我没有农药残留”，以鼓励遵守用药规定的农民，让贴有标章的产品，在市面上能卖到较佳的价格。

   申请“吉园圃”认证的农民，必须严格依照政府规定使用农药，若是被抽检发现使用超量或规定种类之外的农药，就会被注销“球籍”三个月，然后才能重新申请。而且吉园圃通常由某地农民合组的“产销班”为单位，只要产销班中有任何一个农民违规用药被查获，整个产销班就一起连坐被注销—在同侪压力下，农民轻易不敢犯规。

   由于“吉园圃”还是可以使用农药，门坎比“有机农业”低，因此规模远比有机要大。根据2009年的统计，申请到吉园圃认证的菜园与果园总面积达到50000公顷，包括3000多个产销班。目前，台湾官方也计划在吉园圃农场当中，挑选一些“升格”成为有机。

    “有机农业资本主义”？

    由于成本偏高，因此有机农业的市场定位注定是高端需求。根据台湾农经学者的研究，目前台湾有机农产品的营销管道，与传统农产品差异甚大，主要包括：1.农民自产自销，包括合作社、产销班办理集运等；2.超级市场特设的有机专柜；3.有机商品专卖店出售价；4.共同购买，如主妇联盟之团购等；5.宅配，包括网络宅配；6.公、私、民营机构或医院之福利社特别供应；7.宗教团体推广；8.结合休闲农场或农场自然体验之相关活动；9.有机农产品之展示（售）会；10.有机餐饮店。