一、让农民马上转变施肥习惯不容易。“化肥越用越懒，地越上越馋”，形象地说出了化肥使用现状。与等量化肥养分相比较，有机肥的体积和重量要大好多倍，使用有机肥所投入的运力和劳动相应也大大增加。有机肥培肥地力需要一定的时间，短时间内无法凸显优势。

二、 眼下的农产品市场还不能完全以质论价。农民用了有机肥的农产品并不能优质优价，体现不出经济优势，农民只好照着“高产高效”的路子朝前走，不愿意变道。在商品有机肥吨价与化肥差不多的情况下，农民种地不愿意用有机肥就可想而知了。

三、市场上商品有机肥的质量参差不齐。有个别企业爆出原料问题，畜禽粪便、秸秆糠渣、菇渣、餐余垃圾、农产品加工残渣等等，还有少量草炭，算是优等原料了，货真价实。污水处理的污泥，塘泥也不少，甚至土加煤，煤灰煤渣，都做成商品有机肥。

四、有机肥加工过程也让人担忧。热力烘干的在逐渐减少，不发酵、粪臭熏天的比比皆是，水分含量30%以上的数不胜数。这样的质量还叫“商品有机肥”吗?

未来商品有机肥产业将如何布局？

按照2008年畜牧业生产和作物生产状况估算，全国有机肥料资源量约为49.5亿吨，含氮磷钾7405.7万吨，其中人畜禽粪尿40.2亿吨，含氮、磷、钾4898.7万吨。