申请肥料临时登记证办理程序：

1、 农业部行政审批办公大厅肥料窗口审查申请人递交的《农业部肥料临时登记申请书》或《农业部微生物肥料临时登记申请书》及其相关资料，申请资料齐全的予以受理。 

2、农业部肥料登记评审委员会秘书处根据有关规定对申请资料进行技术审查。

3、农业部肥料登记审评委员会对申请资料进行技术评审。

4、农业部种植业管理司根据有关规定及评审意见提出审批方案，报经种植业管理司司长（受部长委托）审批后办理批件。

申请肥料正式登记证办理程序：

1、农业部行政审批办公大厅肥料窗口审查《农业部肥料正式登记申请书》或《农业部微生物肥料正式登记申请书》及相关资料，申请资料齐全的予以受理。

2、农业部肥料登记评审委员会根据有关规定对申请资料进行技术评审。

3、农业部种植业管理司根据有关规定及评审意见提出审批方案，报经种植业管理司司长（受部长委托）审批后办理批件。