在国家标准制定中，微生物菌剂是微生物肥料中的一类，目前在微生物菌剂产品登记的152种菌种中，使用频率较大的前10位菌种分别为：枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、酿酒酵母、侧孢短芽孢杆菌、细黄链霉菌、植物乳杆菌、黑曲霉，其中芽孢杆菌占75%。

目前在市场上推广时，微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂；剂型以液体为主，也有粉剂、颗粒型。

根据不同地区不同作物，微生物菌剂大多以4种方式使用：

1.作底肥每亩用量2kg，耕地时均匀撒施；

2.作追肥，每亩用量1-2kg追施；

3.作滴灌与冲施，取清液配合常规肥料浇灌，残渣作基肥用，改良土壤；