(3)生长期的使用。①喷施：在作物生长期内可以进行叶面追肥，把液态菌剂按要求的倍数稀释后，选择阴天无雨的日子或晴天下午以后，均匀喷施在叶子的背面和正面。②灌根：按1：40—100的比例搅匀后按种植行灌根或灌溉果树根部周围。
　　2．固体菌剂的使用方法。
　　(1)种子上的使用。①拌种：播种前将种子用清水或小米汤喷湿，拌入固态菌剂充分混匀，使所有种子外覆有一层固态生物肥料时便可播种。②浸种：将固态菌剂浸泡1～2小时后，用浸出液浸种。
　　(2)幼苗上的使用。将固态菌剂稀释10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入稀释液中蘸湿后立即取出即可。
　　(3)拌肥。每1000克固态菌剂与40—60公斤充分腐熟的有机肥混合均匀后使用，可做基肥、追肥和育苗肥用。
　　(4)拌土。可在作物育苗时，掺入营养土中充分混匀制作营养钵；也可在果树等苗木移栽前，混入稀泥浆中蘸根。
　　3．生物有机肥的施用。
　　(1)作基肥。大田作物每亩施用40—120公斤，在春、秋整地时和农家肥一起施入；经济作物和设施栽培作物根据当地种植习惯可酌情增加用量。
　　(2)作追肥。与化肥相比，生物有机肥的营养全、肥效长，但生物有机肥的肥效比化肥要慢一点。因此，使用生物有机肥做追肥时应比化肥提前7—10天，用量可按化肥做追肥的等值投入。
　　五、购买和使用微生物肥料时应注意的几个问题
　　使用微生物肥料符合生产安全、无公害农产品的肥料原则要求，已被中国绿色食品发展中心列入生产绿色食品允许使用的肥料。但微生物肥料对许多生产者来说还是一个新生事物，因此要在推广微生物肥料的过程中详细说明使用时的注意事项。
　　1．选购时要看证。要想选择质量有保证的微生物肥料，首先要看有没有农业部颁发的生产许可证或临时生产许可证。各省没有资格颁发微生物肥料的生产许可证或临时生产许可证。
　　2．选择合格产品。国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数≥2亿／克，大肥有效活菌数≥2000万／克，为了使生物肥在有效期末期仍然符合这一要求，一般生产厂商在出厂时应该有40％的富余。如果达不到这一标准，说明质量达不到要求。
　　3．注意产品的有效期。微生物肥料的核心在于其中的活的微生物，产品中有效微生物数量是随保存时间的增加逐步减少的，若数量过少则会起不到应有的作用。因此，要选用有效期内的产品，最好用当年生产的产品，坚决不购买使用超过保存期的产品。
　　4．注意存放和运输过程中的条件。避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物；应尽量避免淋雨，存放则要在干燥通风的地方；产品贮存环境温度应避免长期在35℃以上和-5℃以下低温。
　　5．禁止与杀菌剂或种衣剂混放混用。对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。
　　6．通过合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气状态(即耕作层要求疏松、湿润)，保证土壤中能源物质和营养供应充足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效的肥力作用。一般来说，有水灌溉的耕地比干旱地的效果好；有机质丰富、地力肥沃的土壤要比贫瘠的土壤效果好；松散透气、团粒结构好的土壤比板结的土壤效果好；温暖季节施用要比严寒低温施用效果好；与有机肥混合施用比不加有机肥效果好；集中施用(穴施或沟施)、近根施用比撒施效果好；单独施用比与氨态化肥、杀菌农药合用效果好；在作物生长过程中早施比晚施效果好。
　　7．各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。