微生物肥料是由一种或数种有益微生物、经工业化培养发酵而成的生物性肥料。通常把微生物肥料分为两类：一类是通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物营养元素的供应量，导致植物营养状况的改善，进而增加产量，其代表品种是菌肥；另一类是广义的微生物肥料，虽然也是通过其所含的微生物生命活动作用使作物增产，但它不仅仅限于提高植物营养元素的供应水平，还包括了它们所产生的次生代谢物质，如激素类物质对植物的刺激作用，
　　促进植物对营养元素的吸收利用，或者能够抵抗某些病原微生物的致病作用，减轻病虫害，从而提高农作物产量和品质。
　　一、微生物肥料的主要种类及特点
　　中国对菌肥的研究和应用起步较早，1950年开始对根瘤菌、抗生菌等多种菌剂进行了全面的研究和应用。目前，国内农业上应用最广泛的是根瘤剂，其次是抗生菌肥料和固氮菌剂，近年来磷细菌剂和钾细菌剂应用也日趋广泛。2002年后，又出现了集造肥、促生、抗病、抗逆、改良土壤等多功能于一身的放线菌类微生物菌剂。生物有机肥是由微生物菌剂和优质有机肥混合而成的生物肥料，在生产实践中效果较明显，成为部分或全部替代化肥的新生力量。
　　在微生物肥料中，以根瘤菌剂的研究和应用为最早和最广泛。20世纪初，欧美的一些国家开始根瘤菌剂的商品生产。根瘤菌肥主要含有根瘤菌。根瘤菌与豆科作物共生，利用豆科植物提供的养料进行生物固氮。磷钾细菌剂的应用研究始于20世纪60年代。钾细菌肥料又称生物钾肥、硅酸盐菌剂，其主要成分是硅酸盐细菌。固氮菌肥料能在常温常压下利用空气中的氮气作为氮素养料，将分子态氮还原为氨，产生固氮作用。施用生物钾肥是缓解我国钾肥不足、改善土壤大面积缺钾状况的有效措施。生产中需要注意的是，钾细菌肥料本身不含有钾肥，所以应用时仍要配施钾肥。磷细菌肥料就是能把土壤中的无效磷转化成有效磷的一种微生物制剂。放线菌是化解有机营养型的微生物，分解有机碳化物获得碳源和能源。复合菌肥由一种以上的微生物菌剂复合而成，如EM。
　　二、微生物肥料的作用机理
　　微生物肥料的功效主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病有关，概括起来有以下几个方面：
　　1．增加土壤肥力，这是微生物肥料的主要功效之一。如各种自生、联合、共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，从而能为作物吸收利用。
　　2．产生植物激素类物质刺激作物生长。许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物激素类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
　　3．对有害微生物起到生物防治作用。由于在作物根部接种微生物，微生物在作物根部大量生长繁殖，形成作物根际的优势菌，限制了其他病原微生物的繁殖机会。同时，有的微生物对病原微生物还具有抵抗作用，起到了减轻作物病害的功效。
　　三、微生物肥料的抗病机理
　　微生物肥料除了传统肥料的增产增收效果外，还可以减轻作物病害。这主要有以下三个方面的原因：一是肥料中的有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的危害机会。二是有益微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物能够刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。三是在植物受到病害、冻害、干旱、衰老等逆境时，施用微生物肥料的，其所含的菌种能诱导作物产生超氧化物歧化酶，消除因逆境而产生的自由基，从而提高作物的抗逆性，减轻病害。
　　四、微生物肥料的使用方法
　　微生物肥料的种类不同，用法也不同。
　　1．液体菌剂的使用方法。
　　(1)种子上的使用。①拌种：播种前将种子浸入10—20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿，使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种。②浸种：菌剂加适量水浸泡种子，捞出晾干，种子露白时播种。
　　(2)幼苗上的使用。①蘸根：液态菌剂稀释10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入液体沾湿后立即取出即可。②喷根：当幼苗很多时，可将10—20倍稀释液放入喷筒中喷湿根部即可。