微生物肥料是由一种或数种有益微生物、经工业化培养发酵而成的生物性肥料。通常把微生物肥料分为两类：一类是通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物营养元素的供应量，导致植物营养状况的改善，进而增加产量，其代表品种是菌肥；另一类是广义的微生物肥料，虽然也是通过其所含的微生物生命活动作用使作物增产，但它不仅仅限于提高植物营养元素的供应水平，还包括了它们所产生的次生代谢物质，如激素类物质对植物的刺激作用，
　　促进植物对营养元素的吸收利用，或者能够抵抗某些病原微生物的致病作用，减轻病虫害，从而提高农作物产量和品质。
　　一、微生物肥料的主要种类及特点
　　中国对菌肥的研究和应用起步较早，1950年开始对根瘤菌、抗生菌等多种菌剂进行了全面的研究和应用。目前，国内农业上应用最广泛的是根瘤剂，其次是抗生菌肥料和固氮菌剂，近年来磷细菌剂和钾细菌剂应用也日趋广泛。2002年后，又出现了集造肥、促生、抗病、抗逆、改良土壤等多功能于一身的放线菌类微生物菌剂。生物有机肥是由微生物菌剂和优质有机肥混合而成的生物肥料，在生产实践中效果较明显，成为部分或全部替代化肥的新生力量。
　　在微生物肥料中，以根瘤菌剂的研究和应用为最早和最广泛。20世纪初，欧美的一些国家开始根瘤菌剂的商品生产。根瘤菌肥主要含有根瘤菌。根瘤菌与豆科作物共生，利用豆科植物提供的养料进行生物固氮。磷钾细菌剂的应用研究始于20世纪60年代。钾细菌肥料又称生物钾肥、硅酸盐菌剂，其主要成分是硅酸盐细菌。固氮菌肥料能在常温常压下利用空气中的氮气作为氮素养料，将分子态氮还原为氨，产生固氮作用。施用生物钾肥是缓解我国钾肥不足、改善土壤大面积缺钾状况的有效措施。生产中需要注意的是，钾细菌肥料本身不含有钾肥，所以应用时仍要配施钾肥。磷细菌肥料就是能把土壤中的无效磷转化成有效磷的一种微生物制剂。放线菌是化解有机营养型的微生物，分解有机碳化物获得碳源和能源。复合菌肥由一种以上的微生物菌剂复合而成，如EM。
　　二、微生物肥料的作用机理
　　微生物肥料的功效主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病有关，概括起来有以下几个方面：
　　1．增加土壤肥力，这是微生物肥料的主要功效之一。如各种自生、联合、共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，从而能为作物吸收利用。
　　2．产生植物激素类物质刺激作物生长。许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物激素类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
　　3．对有害微生物起到生物防治作用。由于在作物根部接种微生物，微生物在作物根部大量生长繁殖，形成作物根际的优势菌，限制了其他病原微生物的繁殖机会。同时，有的微生物对病原微生物还具有抵抗作用，起到了减轻作物病害的功效。
　　三、微生物肥料的抗病机理
　　微生物肥料除了传统肥料的增产增收效果外，还可以减轻作物病害。这主要有以下三个方面的原因：一是肥料中的有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的危害机会。二是有益微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物能够刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。三是在植物受到病害、冻害、干旱、衰老等逆境时，施用微生物肥料的，其所含的菌种能诱导作物产生超氧化物歧化酶，消除因逆境而产生的自由基，从而提高作物的抗逆性，减轻病害。
　　四、微生物肥料的使用方法
　　微生物肥料的种类不同，用法也不同。
　　1．液体菌剂的使用方法。
　　(1)种子上的使用。①拌种：播种前将种子浸入10—20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿，使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种。②浸种：菌剂加适量水浸泡种子，捞出晾干，种子露白时播种。
　　(2)幼苗上的使用。①蘸根：液态菌剂稀释10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入液体沾湿后立即取出即可。②喷根：当幼苗很多时，可将10—20倍稀释液放入喷筒中喷湿根部即可。
　　(3)生长期的使用。①喷施：在作物生长期内可以进行叶面追肥，把液态菌剂按要求的倍数稀释后，选择阴天无雨的日子或晴天下午以后，均匀喷施在叶子的背面和正面。②灌根：按1：40—100的比例搅匀后按种植行灌根或灌溉果树根部周围。
　　2．固体菌剂的使用方法。
　　(1)种子上的使用。①拌种：播种前将种子用清水或小米汤喷湿，拌入固态菌剂充分混匀，使所有种子外覆有一层固态生物肥料时便可播种。②浸种：将固态菌剂浸泡1～2小时后，用浸出液浸种。
　　(2)幼苗上的使用。将固态菌剂稀释10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入稀释液中蘸湿后立即取出即可。
　　(3)拌肥。每1000克固态菌剂与40—60公斤充分腐熟的有机肥混合均匀后使用，可做基肥、追肥和育苗肥用。
　　(4)拌土。可在作物育苗时，掺入营养土中充分混匀制作营养钵；也可在果树等苗木移栽前，混入稀泥浆中蘸根。
　　3．生物有机肥的施用。
　　(1)作基肥。大田作物每亩施用40—120公斤，在春、秋整地时和农家肥一起施入；经济作物和设施栽培作物根据当地种植习惯可酌情增加用量。
　　(2)作追肥。与化肥相比，生物有机肥的营养全、肥效长，但生物有机肥的肥效比化肥要慢一点。因此，使用生物有机肥做追肥时应比化肥提前7—10天，用量可按化肥做追肥的等值投入。
　　五、购买和使用微生物肥料时应注意的几个问题
　　使用微生物肥料符合生产安全、无公害农产品的肥料原则要求，已被中国绿色食品发展中心列入生产绿色食品允许使用的肥料。但微生物肥料对许多生产者来说还是一个新生事物，因此要在推广微生物肥料的过程中详细说明使用时的注意事项。
　　1．选购时要看证。要想选择质量有保证的微生物肥料，首先要看有没有农业部颁发的生产许可证或临时生产许可证。各省没有资格颁发微生物肥料的生产许可证或临时生产许可证。
　　2．选择合格产品。国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数≥2亿／克，大肥有效活菌数≥2000万／克，为了使生物肥在有效期末期仍然符合这一要求，一般生产厂商在出厂时应该有40％的富余。如果达不到这一标准，说明质量达不到要求。
　　3．注意产品的有效期。微生物肥料的核心在于其中的活的微生物，产品中有效微生物数量是随保存时间的增加逐步减少的，若数量过少则会起不到应有的作用。因此，要选用有效期内的产品，最好用当年生产的产品，坚决不购买使用超过保存期的产品。
　　4．注意存放和运输过程中的条件。避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物；应尽量避免淋雨，存放则要在干燥通风的地方；产品贮存环境温度应避免长期在35℃以上和-5℃以下低温。
　　5．禁止与杀菌剂或种衣剂混放混用。对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。
　　6．通过合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气状态(即耕作层要求疏松、湿润)，保证土壤中能源物质和营养供应充足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效的肥力作用。一般来说，有水灌溉的耕地比干旱地的效果好；有机质丰富、地力肥沃的土壤要比贫瘠的土壤效果好；松散透气、团粒结构好的土壤比板结的土壤效果好；温暖季节施用要比严寒低温施用效果好；与有机肥混合施用比不加有机肥效果好；集中施用(穴施或沟施)、近根施用比撒施效果好；单独施用比与氨态化肥、杀菌农药合用效果好；在作物生长过程中早施比晚施效果好。
　　7．各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。