培养料发酵质量的好坏，直接影响双孢菇栽培的生产。在双孢菇培养料发酵中，不少菇农由于轻视对培养料的发酵，从而造成产量与质量的下降。培养料发酵要掌握以下几点：
一、发酵时间。最佳的发酵时间在8月上旬，因为此时发酵培养料，可利用秋季温度从高到低的有利条件，争取较长的出菇期，取得较好的效益。
二、培养料的选择。所有培养料都要求新鲜，不得有霉变。
三、发酵。首先，培养料预湿要充分，避免出现培养料吸水不足；第二，建堆要科学，应采取南北走向，料堆宽度控制在1.8—2米，高度1.5—1.8米，下层用砖块修建通风道。按照建堆要求，一层料一层粪堆叠，同时注意水的用量，培养料的含水量掌握在65%左右；第三，注意翻堆的合理性。如采取一次性发酵，要翻堆4次，从建堆开始计算天数，第一次翻堆为第7天，然后是第6天、第5天、第4天，发酵结束立即拆堆进房；如采取二次发酵，要翻堆3次，分别为第5 天、第4天、第3天。在翻堆时要做到粪草、内外层料的均匀一致，防止出现夹生料，同时注意料的含水量，始终保持在65%左右。第四，防止雨淋，下雨时用薄膜覆盖，雨停揭去，防止闷料。
四、正确掌握培养料腐熟度。栽培蘑菇时，如果培养料腐熟不足，培养料中的有机质分解不好，蘑菇菌丝不能吸收利用；如果培养料腐熟过度，培养料的大部分营养就会被微生物消耗掉，使培养料中的草茎失去弹性，造成培养料通气性差，不利于蘑菇菌丝的生长，而且还容易引起病虫害的发生。栽培蘑菇的培养料以半腐熟为宜。半腐熟的培养料具有以下四个特征：
（一）、草和粪的色泽由金黄色或黄绿色变成褐色，但不呈黑色，且无粪臭、酸臭或腐败的臭味。
（二）、草茎柔软，手拉时有一股抗拉力，富有弹性，而不是轻拉即断，更非腐熟得看不出是草茎。手握培养料，能被捏拢，松手后能自然松散。
（三）、在最后一次翻堆后的第5天堆温仍可维持在50摄氏度以上，但不得超过60摄氏度。
（四）、料堆的体积比原来缩小40％，重量减轻30％，含水量60％左右，手捏时指缝间没有水滴出现。