棉花从出苗到现蕾称为苗期，此期田间管理的中心任务是：保全苗，促壮苗，争早发，为丰产丰收奠定基础。棉花苗期的管理要注意以下五个方面：
一、打孔放苗：地膜覆盖棉田,棉苗出土达70%左右，子叶平展、叶色变绿，要及时打孔放苗，放苗后用土将膜孔盖住以防散墒。
二、查苗补苗：出苗后逐行查苗补缺。缺苗地段及时补种或移栽，缺苗少的可以两边双株留苗。
三、适时间苗、定苗：地膜棉从放苗堵孔时开始间苗，露地棉当幼苗长出3片真叶时，进行定苗。定苗一定要根据品种的特性间小留大，去弱留壮，去病留健，形成长势一致、密度合理的棉田。育苗移栽的棉田要在适当的苗龄（一般3片真叶，白根长满钵时）及时移栽。
四、合理施肥浇水：春播棉田（包括地膜棉）苗期不是特别干旱，一般不提倡浇水；套种棉田因共生期间小麦耗水量大，收麦后要及时浇水，防止因高温干旱大量死苗。在施足底肥的情况下，苗期一般不需再施苗肥；未施底肥的麦套棉田，收麦后结合中耕灭茬、浇水及时施肥，一般可每亩深施有机肥1000- 1500公斤，饼肥30公斤，磷肥50公斤，钾肥15公斤，或棉花专用配方肥25-30公斤∕亩。
五、防治病虫害：苗期病虫害是制约棉田壮苗早发的重要因素。苗期病害主要有根病和叶病两大类。根病主要有立枯病、炭疽病、红腐病等。
苗期根病大都发生在２片真叶展开前，此期根茎幼嫩，抗病能力弱；特别是受地下害虫危害后形成伤口，极易遭受病菌侵染而腐烂，通常称作烂根。其主要特征是：　　
1.立枯病 嫩茎基部靠近地面处出现黄褐色病斑，病斑在基部围绕嫩茎发展，颜色逐渐发深，产生凹陷内缩，然后变成黑褐色病斑而腐烂，致使幼苗直立枯死而不倒。
　2.炭疽病 病苗在茎基部出现紫褐色条纹，逐渐成梭形病斑，组织硬化、凹陷，严重时失水纵裂，真叶被害时产生黑色小斑点，后扩大成暗褐色圆形或不规则形病斑。造成幼苗枯死。
3.红腐病 又叫烂根病，出土前就开始发病，造成烂种。有的棉籽虽已发芽，但幼芽变为黄褐色，腐烂死亡。子叶期发病，地下嫩茎和根变肥、肿大，有分段的黄褐色病斑，逐渐变黑褐色、干腐而死。还可浸染子叶和真叶，产生不规则病斑，逐渐扩大后破裂。
苗期的叶病主要发生在子叶和真叶上，常见的有黑斑病、茎枯病、角斑病和枯萎病。
　1. 黑斑病 又称轮纹斑病，病苗子叶上出现很多褐色小圆斑，病斑周围有紫红色晕圈，病斑近圆形或不不规则形，背部凹陷，引起子叶干裂破碎。浸染叶柄时出现褐色病斑，围绕叶柄发展，形成环状斑，致使叶片脱落。
　2.茎枯病 是一种偶发性但可引起严重减产的病害。受害 叶片上病斑呈淡褐色，近圆形，边缘紫红色，斑内可见一些小黑点。嫩茎及叶柄受害形成褐色梭形溃疡斑，中央凹陷，可引起嫩稍枯死，叶柄及叶片脱落。
　3.角斑病。是细菌性病害，发生在子叶、真叶及嫩茎上，首先出现深绿色小斑点，逐渐扩大呈水渍状病斑，后变黑褐色，在真叶上，因受叶脉限制而呈多角形，有时病斑沿叶脉发展呈长条弯曲状。子叶上病斑沿叶柄发展可侵染到子叶节。嫩茎上的病斑呈黑绿色，发展成黑褐色条。
4.枯萎病。从子叶期即可发生，定苗前后达到高峰。病苗叶片上出现褪色斑，斑内叶脉变黄，呈黄色网状纹，也有子叶变紫红色，出现紫色网状纹。也有叶边缘变黄，慢慢枯干，病苗根茎外表无症状，但茎内的木质部呈褐色条纹，最后病苗萎蔫枯死。　
大田中苗期病害是由多种病原菌复合侵染造成的并发性病害，从症状上很难区别。生产中棉花苗期病害要以防为主，培育壮苗早发、控制病害发生。播前对毛籽和未包衣的光籽一定要进行种子处理如:浸种、晒种、拌种等措施。播后遇雨，天晴后及时中耕破除板结，增温保墒。尽量减少种子在土壤中的萌芽时间，促使根部早日木质化，减少感病机会。出苗后，病害发生时，发病初期用50％多菌灵８00倍液或70%甲基托布津1000倍液进行防治；
棉花苗期主要害虫有棉蚜、蓟马、地老虎、红蜘蛛盲椿象等。棉蚜、红蜘蛛可用50％抗蚜威可湿性粉剂1000倍液或10%吡虫啉3000倍液进行防治。防治地老虎可采用以下方法：（1）诱杀成虫：用黑光灯、杨树枝把和糖醋液等方法诱杀。（2）诱杀幼虫：幼虫危害期用50%的辛硫磷50克对水1公斤喷拌在5公斤炒香的麦麸或碎棉籽饼上,制成毒饵,傍晚顺垄撒施。（3）喷雾防治。在棉花苗期用20％速灭杀丁1500～2000倍液或50％辛硫磷1500倍液喷雾防治。