近年来，瓜果、蔬菜、花卉等具有经济价值作物的种植面积不断扩大，保护地生产面积不断增加，连年种植一种作物，这些均有利于土传病害病原菌的生长繁殖。而这类病害如果不及时加以控制，会造成严重减产或降低产品质量，甚至造成绝产。土壤消毒是控制土传病害的重要措施之一，具体的方法如下：
　　药剂消毒　在播种前后将药剂施入土壤中，目的是防止种子带病和土传病的蔓延。 主要施药方法如下：
　　1、喷淋或浇灌法。将药剂用清水稀释成一定浓度，用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌溉到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌。喷淋施药处理土壤适宜于大田、育苗营养土、草坪更新等。浇灌法施药适用于果树、瓜类、茄果类作物的灌溉和各种作物苗床消毒，常用消毒剂有绿亨1号、2号等，防治苗期病害，效果显著。
　　2、毒土法。先将药剂配成毒土，然后施用。毒土的配制方法是将农药（乳油、可湿性粉剂）与具有一定湿度的细土按比例混匀制成。毒土的施用方法有沟施、穴施和撒施。
　　3、熏蒸法。利用土壤注射器或土壤消毒机将熏蒸剂注入土壤中，于土壤表面盖上薄膜等覆盖物，在密闭或半密闭的设施中扩散，杀死病菌。土壤熏蒸后，待药剂充分散发后才能播种，否则，容易产生药害。常用的土壤熏蒸消毒剂有溴甲烷、早醛等。此方法在设施农业中的草莓、西瓜、蔬菜的种植和苗木的苗床、绿地草坪栽植等方面均有应用。
　　太阳能消毒　方法是在温室或田间作物采收后，连根拔除田间老株，多施有机肥料，然后把地翻平整好，在7～8月份，气温达摄氏35度以上时，用透明吸热薄膜覆盖好，土温度可升至摄氏50～60度，密闭15～20天，可杀死土壤中的各种病菌。这一方法适合在我国北方地区连年种植草莓、西瓜、花卉的大棚温室里应用。
　　蒸汽热消毒　蒸汽热消毒土壤，是用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以达到防治土传病害的目的。这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物，并在苗床上小面积施用。