１利用害虫的习性进行防治
　　１．１　对菌蚊人工捕捉。
　　１．２对瘿蚊发生的菌袋在阳光下曝晒1～2小时或撒石灰粉。
　　２　水浸法防治害虫 瓶栽培的和袋栽培的可将水注入瓶、袋内。块栽的可将栽培块浸入水中压以重物，浸泡2～3小时，浸泡后的瓶、袋沥干水即放回原处。
　　３　诱杀
　　３．１对蚊蛾用黑光灯或节能灯诱杀。方法是在灯下的水盆中放人0.10％敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死。
　　３．２对粘虫可在强灯光处涂抹40％聚丙烯粘胶的粘虫板。
　　４对曲霉的防治
　　４．１及时清除废料是防治的关键。
　　４．２菌种瓶装料时不能过满，料不能与棉塞相接触。装瓶完毕后洗净瓶口，除去有机物，保持棉塞清洁。
　　４．３施用5毫克／千克多菌灵可抑制黑曲霉和黄曲霉的生长，但必须是蘑菇采收完毕后施用。
　　５绿霉的防治
　　５．１降低菇房温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压霉菌处，切断霉菌孢子飞扬传播。
　　５．２取生石灰9份、多菌灵1份、水适量，灌刷霉菌处。
　　５．３生料栽培时，每100千克干料中添加克霉灵100克，可彻底防治和根除霉菌滋生。
　　５．４在霉菌处撤上高锰酸钾颗粒后，喷水于霉菌外围。
　　５．５用5％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，补上新料；也可直接用水浸泡霉菌。
　　５．６在霉菌处涂刷95％的酒精或煤油，点火烧掉，然后挖除，填补新料。
　　６对细菌的防治方法
　　６．１培养基培养皿灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间都要达到要求；
　　６．２培养基做好后，放在30℃的培养箱内一天后再用，以确保无细菌感染，若有感染，可重新灭菌。
　　６．３母菌或原种必须保证无细菌污染。
　　６．４培养基内可加入抗生素，一般以每毫升含100～200单位为宜。