在家兔的生产繁殖过程中，常常会遇到一些带有生理缺陷的个体，这些生理缺陷轻则造成家兔体弱多病、生产力低下，重则造成家兔死亡。因此，在家兔的育种过程中应尽量淘汰这些有生理缺陷的个体，以免给以后的生产带来不应有的损失。
　　１．侏儒兔。家兔的脑垂体先天性发育不良，导致家兔的个体很小，一般只有正常个体大小的１/３。这种家兔虽然可以存活，但发育不良，个体比普通家兔的个体小得多。
　　２．先天性垂耳兔。家兔除了失去原有的品种特征外，并无其他不良表现，所以，只要不是用做育种兔，影响并不大。
　　３．牛眼兔。又叫水肿眼兔，患兔的主要特征是眼睛像牛眼一样，圆睁而且突出。“牛眼”可以发生在两眼，也可以发生在单眼。伴随着眼球的变化，这种公兔的繁殖机能明显低下，如精子数量明显减少，甚至无精子。
　　４．白内障兔。家兔出生后不久眼睛就出现“白内障”，眼球晶体后壁出现混浊，到５～９周龄时眼球全部混浊，家兔的眼睛失明。
　　５．下颌畸形兔。家兔的下颌畸形生长，下颌前移，门齿咬合错位，使家兔无法正常采食。病情严重时家兔常常因饥饿而死亡。
　　６．短肢畸形兔。家兔的四肢都非常短，依其症状可分以下三种情况：第一种是患兔的四肢很短，头短宽且略呈方形，舌头经常伸出口外，胸廓短而且呈喇叭状，腹部膨大；第二种是患兔的四肢很短，但舌头不伸出口外，肌肉丰满，长骨明显变形，骨干末端变宽变短，骺骨和甲状腺软骨过度生长；第三种是患兔的四肢变短，髋臼和股骨畸形，家兔出现严重跛行的症状，耳根处有一乳头状突起。
　　７．短趾兔。家兔的脚趾变短或者缺损，这种症状可以发生在一只脚上，也可以是两只脚全部无趾；最严重时还会出现掌骨弯曲、变短的症状。
　　８．八字腿兔。患兔的股骨向前突出，髋关节处于半脱臼状态。轻者站不起来，重者造成瘫痪。
　　９．震颤兔。家兔的整个身体和头部都一直处于微微颤抖的状态，只有在睡眠时才停止。大多数家兔体弱多病，因感染其他疾病而死亡。
　　10．肾脏发育不全兔。家兔先天缺少一只肾，在缺少肾脏的一侧，公兔会同时缺少睾丸，而母兔则有正常的卵巢，但往往没有子宫或子宫缺损。
　　11．多囊肾兔。家兔的肾脏下部长有一百至几百个囊泡，直径为１毫米左右。由于大量的囊泡会严重影响着家兔肾脏发挥功能，往往会造成患兔死亡。
　　12．膈疝兔。家兔的心肺功能低下，常因呼吸功能受阻而死亡。
　　13．动脉硬化兔。家兔的动脉血管壁过度增生，在主动脉壁上会形成硬斑或小结节。
　　所有具有以上遗传缺陷的家兔都不是正常的家兔，它们都携带着这样或那样的有害基因，在育种过程中一定要严密监视，发现一只淘汰一只，决不能让有害基因在兔群中存在。