4月10日晚间，敦煌种业发布了2013年年报。2013年，公司实现营业收入18.75亿元，同比下降5.05%;实现归属于上市公司股东的净利润1734万元，扭转了2012年亏损1.29亿元的颓势;然而扣除非经常性损益后，还是亏损了402.3万元;扭亏因素主要在于资产处置和政府补助。

　　2013年，构成公司主要盈利来源的种子主业取得一定增长，购买了“东方红一号”新品种，扩大了“吉祥一号”的审定区域，加大自有品种的推广面积和维权力度，实现种子产业收入10.83亿元，同比增长8.9%，实现净利润8133万元，同比增长13.9%。利润贡献大户控股子公司敦种先锋实现销售收入6.86亿元，同比增长11.6%，实现净利润2.06亿元，同比增长11.3%。整体而言，敦煌种业种子的毛利率仍高达49.3%，较上年略有提高。

　　历年亏损大户棉花产业经营状况较上年有较大改善，虽然仍未实现盈利，但较上年减亏4623万元。近两年亏损严重的油脂公司以减亏扭亏为重点，通过改造流程降低成本，新建小包装食用油生产线提高附加值，改善了经营状况，较上年减亏5934万元。

　　食品产业发展较好，果蔬制品公司适时进行了股权激励，增强了内部动力，利润较上年增长98.5%。

　　公司拥有15万亩左右稳定的玉米之中基地，分布在甘肃武威、酒泉、张掖等玉米杂交制种的黄金地带，自有品种“吉祥一号”玉米杂交种通过了多个省、地区的审定，有望快速在新审定区域推广，新购买的“东方红1号”、合作研发的“敦玉328”、子公司选育的“飞天358”玉米品种也有良好的区域表现。控股子公司敦种先锋拥有8条全自动化玉米种子加工生产线，公司在武威、酒泉各建成1条全自动化玉米种子加工生产线，加上原有加工中心产能，满足自有玉米品种加工需求。

　　2013年，敦煌种业在收入未增长的情况下，实现了扭亏为盈的年度经营目标。2014年，公司计划实现收入、净利润的一定增长。