化肥进口的加工贸易禁止政策始于1999年。1999年5月26日，原国家经贸委、外经贸部和海关总署发布《加工贸易禁止类、进口限制类商品目录（第一批）》，决定自1999年6月1日起禁止为种植出口农产品而以加工贸易方式进口所有化肥。这一规定到目前为止仍然有效执行。

　　2007年4月26日之前，与其他大多数货物一样，化肥属于允许加工贸易方式出口的货物。磷肥企业以进口硫磺生产磷复肥再出口，复合肥企业以进口钾肥、磷肥生产复合肥再出口，氮肥企业以进口煤炭、天然气生产尿素再出口，以进口氯化钾生产加工型硫酸钾、硝酸钾及钾碱（钾盐）产品，均可以享受进口料件的保税政策。以磷酸二铵为例，2006年全年中国共出口78.6万吨；其中以进料加工贸易方式报关出口量达33.3万吨，占比达42.3%。

　　2007年4月26日起，商务部、海关总署调整加工贸易禁止类商品目录，将34种海关编码的化肥货物出口列为禁止类。化肥属于出口增值税不予退税的货物，不允许加工贸易方式出口化肥，生产这些化肥所消耗的进口料件无法再享受保税政策。