化肥进口的加工贸易禁止政策始于1999年。1999年5月26日,原国家经贸委、外经贸部和海关总署发布《加工贸易禁止类、进口限制类商品目录(第一批)》,决定自1999年6月1日起禁止为种植出口农产品而以加工贸易方式进口所有化肥。这一规定到目前为止仍然有效执行。
2007年4月26日之前,与其他大多数货物一样,化肥属于允许加工贸易方式出口的货物。磷肥企业以进口硫磺生产磷复肥再出口,复合肥企业以进口钾肥、磷肥生产复合肥再出口,氮肥企业以进口煤炭、天然气生产尿素再出口,以进口氯化钾生产加工型硫酸钾、硝酸钾及钾碱(钾盐)产品,均可以享受进口料件的保税政策。以磷酸二铵为例,2006年全年中国共出口78.6万吨;其中以进料加工贸易方式报关出口量达33.3万吨,占比达42.3%。
2007年4月26日起,商务部、海关总署调整加工贸易禁止类商品目录,将34种海关编码的化肥货物出口列为禁止类。化肥属于出口增值税不予退税的货物,不允许加工贸易方式出口化肥,生产这些化肥所消耗的进口料件无法再享受保税政策。
十二五以来,化肥行业享受的电气运税优惠政策陆续取消,农资补贴方式也已经转变,化肥基本恢复普通商品属性。中国化肥行业的能效水平、污染物排放控制标准、本质安全水平、资源综合利用率等指标均大幅提升,部分指标还达到国际领先水平。2019年1月1日起所有化肥不再征收出口关税,限制化肥出口的政策只剩下“禁止加工贸易出口”和“出口不退税”这两项。
近年来,行业协会多次呼吁恢复允许化肥加工贸易方式出口和出口全额退税政策。新冠疫情发生后,氮肥、磷复肥、钾肥行业再次向国家有关部门反映行业诉求。