在行政事业性收费方面，不再征收肥料登记费。此次修改删去了以下内容：

第三十条 第一款【生产者办理肥料登记，应按规定交纳登记费。】和第二款中的 “并支付试验费”。

　　另外，不适用产品在原有的“肥料和农药的混合物”“农民自制自用的有机肥料”基础上，增加了植物生长调节剂。第三十四条增加一项，作为第三项：“植物生长调节剂。”据了解，植物生长调节剂是一类具有植物激素活性的人工合成农药,可用于调节水果的生长和贮藏，适用于《农药管理条例》《农药登记管理办法》等法规。

　　伴随着全国商事制度改革和《肥料登记管理办法》修改，《肥料登记资料要求》（2001年5月25日农业部公告第161号）也做了相应的修改：

将公告中的“临时登记”修改为“肥料登记”，“工商注册证明文件”修改为“统一社会信用代码”；

删去公告中关于“正式登记”“农业部认定可承担田间肥效试验单位”“农业部指定菌种鉴定及菌种安全鉴定单位”的相关要求；

删去公告中关于提供“毒性报告”“菌种安全性鉴定报告”的要求。