微生物为农作物提供关键营养。微生物分解动植物残体，直到将其分解为无机物，然后这些无机物又重新被植物体所吸收利用。

但是科学研究发现，微生物分解有机物的生命活动过程中产生了很多有机小分子，这些有机小分子可以直接被作物吸收利用，对于植物的生长起到了关键作用。

微生物的代谢产物如各种维生素、植物激素(生长素、赤霉素、细胞分裂素、脱落酸)等也均是有机小分子，它们对于农作物的各种生长发育过程发挥着重要的促进和调节作用。

有些微生物还能分泌抗生素、几丁质酶等有机小分子，它们能够抑制病虫害，保护农作物。有益微生物是农作物的卫士，协助抵抗病虫侵害。

农作物能够与很多有益菌建立协作共生的关系，还是以菌根真菌举例，这些真菌与农作物形成共生关系，根系分泌物为其提供部分营养，真菌在作物根系表面生成一层菌膜，很坚韧，这保护了根系免遭病原菌侵染，真菌的分支很长，可以吸收更多营养与根系分享。

正常情况下，健康的农作物处于有益菌占据主导地位的微生物环境下，有益菌通过竞争食物限制病原菌的生长，有些有益菌的分泌物可以直接抑制甚至杀灭病原菌，比如大名鼎鼎的青霉菌分泌的青霉素可以杀死病原菌。大自然多么神奇啊!

人们利用有益微生物可以构建对作物有益的环境，大大减少病虫害，减少农民的烦恼。

    研究表明，苏云金芽孢杆菌可产生两大类毒素，即内毒素(伴胞晶体)和外毒素，使害虫停止取食，最后害虫因饥饿而死亡，可协助人们防治直翅目、鞘翅目、双翅目、膜翅目，特别是鳞翅目等多种害虫。

目前发现，很多种类的微生物如环状芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、灰色链霉菌和米曲霉等都可以分泌几丁质酶，而昆虫及虫卵的外壳是由几丁质构成的，几丁质酶分解昆虫及虫卵的外壳，起到了杀死害虫的作用。

综合上述，有益微生物对于农作物生长发挥着重大作用，协助营养的分解、转化和吸收，供应不可替代的关键营养，协助农作物抵抗病虫侵害。